i September 2017 anklagades Khan för olämpliga online-interaktioner med många kvinnor, vilket rapporterades i en artikel i National newspaper. Dessa anklagelser upprepades i internationella tidningar; Khan svarade att de läckta textkonversationerna var ”mellan samtyckande vuxna” och att kvinnorna var äktenskapsutsikter och noterade att han hade varit skild i två år. I December 2017 publicerade BuzzFeed News en artikel om vad den kallade Khans ”andliga övergrepp” – aktiviteter och hävdade att han utan framgång hade advokater be fyra andra präster att inte släppa ett gemensamt uttalande med hänvisning till ”hemliga skenäktenskap”. En artikel i Atlanten noterade en viss motreaktion mot kvinnor som hade anklagat Khan för missförhållanden.
i oktober 2017 släppte ett utskott bestående av olika islamiska forskare och samhällsledare, inklusive de som har haft ledarpositioner i Islamic Society of North America, rådgivare och mentalvårdspersonal, ett uttalande efter att ha genomfört sin egen utredning av frågan. Bland panelen var Aisha Al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid och Ingrid Mattson. Utskottet uttalade, ” det är med tunga hjärtan som vi bekräftar att Br. Nouman har begått betydande kränkningar av förtroende, andligt missbruk och oetiskt beteende.”Utskottet rekommenderade att Khan” står inför konsekvenserna av hans handlingar, och … ta en paus från det offentliga livet för att få rådgivning och engagera sig i försoning.”