Tokugawa politiskt system var kanske det mest komplexa feodala systemet som någonsin utvecklats. Det liknade det europeiska feodala systemet (påve, kejsare eller kung, feodala baroner och hållare i Europa jämfört med kejsare, den shogun, den daimyooch samurai hållare i Japan), men det var också mycket byråkratiskt, ett attribut som inte var förknippat med europeisk feodalism.
detta politiska system kallades bakuhan-systemet. Baku kommer från bakufu som var regeringen som Tokugawa-ledarna använde för att administrera sina privata angelägenheter inom sin egen fief. Han betyder domän och hänvisar till de 250 plus domäner som fanns under hela Edo-perioden. Således hänvisar bakuhan till samexistensen av Tokugawa-regeringen med separata, oberoende regeringar i var och en av fiefs. Eftersom varje daimyo var en hållare av shogun, bakufu eller shogunat hade viss makt över hela Japan. Detta var inte ett federalt system eller ens en centraliserad hierarki av politiska myndigheter; det var snarare ett system där två regeringsnivåer fanns med en hög grad av självständighet.
Tokugawa-shogunatet var väldigt mycket som någon domainregering genom att den först var ansvarig för administrationen av ett begränsat territorium, Tokugawa-husets förläning. Som sådan handlade det om att kontrollera samurai-klassen, samla in skatter (främst på jordbruk), upprätthålla civil ordning, försvara fief, kontrollera städerna, uppmuntra handel och tillverkning som krävdes av fief, begränsa oönskade typer av handel och så vidare. I de flesta domäner var regeringens omfattning liknande. I själva verket, som Edo-perioden bar på, kopierade de flesta domäner shogunatets system.Tokugawa-shogunatet hade också ansvar och bekymmer som gick utöver de vanliga domänerna; Tokugawa-shogunerna var trots allt hegemoner som presiderade över ett helt land.
Tokugawa-regeringen behandlade ensam det kejserliga hovet, den kejserliga adeln och kejsaren själv. Kejsaren var källan till legitimitet eftersom shoguns kontor var en kejserlig utnämning. Dessutom konfucianismen som var den officiella ideologin för Tokugawa-huset under Edo-perioden fokuserade uppmärksamheten på kejsaren. Således etablerade Tokugawa-shogunatet ett monopol på tillgång till den kejserliga domstolen. Som perioden bar på, monopolet bröts, men det är i huvudsak sant att Tokugawa kontrollerade och manipulerade domstolen för sina egna syften.
shogunatet hade ett nära monopol över utrikeshandel och utrikesfrågor. Handelsmonopolet var viktigt eftersom betydande vinster var tillgängliga för Tokugawa ensam. Utrikeshandel tilläts också genom Satsuma-domänen till Ryukyu kingdom (Okinawa) och genom Tsushima-domänen till Korea, men generellt sett kontrollerades diplomatiska frågor noggrant av Tokugawa.
Utrikesförbindelserna var avgörande eftersom kontrollen över dem gjorde ett uttalande till den politiska allmänheten att Tokugawa-huset hade kontroll över alla aspekter av regeringen; det var en ytterligare källa till legitimitet. I linje med detta begränsade Tokugawa-shogunatet diplomatisk kontakt genom att förbjuda alla europeer utom holländarna att komma till Japan efter 1639; detta var politiken för nationell avskildhet (sakoku). Men även avskildhet var en maktutövning som imponerade observatörer och uppmuntrade underkastelse.
kanske var shogunatets viktigaste roll kontroll över domänerna, han. Det var just det som saknades under den krigande staternas period, centralmyndighetens förmåga att genomdriva fred. Under de fyrtio åren före Edo-perioden utvecklade de tre förenarna, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi och Tokugawa Ieyasu, ett system som visade sig alltmer kunna säkerställa vasalernas lojalitet och lydnad. Tokugawa-shogunatet tog denna tidigare erfarenhet och honade den till perfektion.
delar av detta system inkluderade ett polis-och spionnätverk som rapporterade misstänkt aktivitet av samurai eller daimyo. Daimyo var skyldiga att rapportera alla föreslagna äktenskapsallianser mellan domäner till shogunatet för godkännande. Kontakt mellan domäner förbjöds för att minska möjligheterna att plotta mot shogunatet. Antalet slott, deras storlek och deras styrka var mycket strängt begränsade.
shogunatet kan straffa daimyo för överträdelser på olika sätt; en domän kan minskas i storlek, daimyo kan flyttas till en helt annan domän, eller, den ultimata sanktionen, självmord kan krävas, kanske med ytterligare straff av hans härstamning reduceras i status till en icke-daimyo nivå.
den viktigaste aspekten av systemet för att styra han var sankin-kotai-systemet eller systemet för alternativ bostad i Edo. Detta växte fram ur krigande staternas periodpraxis att kräva högt rankade gisslan från vasaler eller allierade för att garantera gott beteende. Shogunatets grundare, Tokugawa Ieyasu, var själv gisslan i nästan 13 år som ung pojke.
Tokugawa formaliserade dock gisslan. De fastställde regler som specificerade för varje daimyo en tidsperiod varje år (eller två eller tre) under vilken daimyo måste bo i Edo. Daimyos familj skulle behöva bo i Edo när daimyo återvände till sin domän, så att den ena stod som gisslan för den andra.
inte bara gav detta gisslan, men det lade också en ekonomisk börda på daimyo som dränerade bort resurser som annars kunde ha gått in i militära förberedelser mot shogunatet. Daimyo var tvungen att behålla en stor bostad och stödfaciliteter i Edo såväl som i deras domän. De var också tvungna att resa till och från Edo längs en rutt som dikterades av shogunatet. De flesta reste på Tokaido eftersom Nakasendo användes av det kejserliga hovet, men den totala bördan spreds mellan de två vägarna. Hela systemet förbrukade cirka 25% av den inkomst som är tillgänglig för de flesta daimyo.
shogunatet var dock bara en del av bakuhan-systemet; domänerna var de andra. Domänerna var oberoende med avseende på deras interna arrangemang så länge det inte fanns någon konflikt med shogunatets intressen. I praktiken duplicerade domänerna frivilligt shogunatets regeringssystem i stor utsträckning eftersom intressen och problemen hos en daimyo på hans nivå liknade shogunatets: hur man upprätthåller stabilitet och ordning. Dessutom hade de befogenheter som shogunatet utövade över domänerna effekten att tvinga domänerna att bete sig på ungefär samma sätt eftersom de stod inför samma krav.
till exempel upprätthöll alla betydande domäner kommersiell verksamhet i Osaka, den nationella marknaden, för att sälja ris och andra råvaror för att höja de pengar som krävs av det alternativa närvarosystemet. Denna standardisering gjorde mycket för att minska regionala skillnader och potentiella motsättningar under hela Edo-perioden.
liksom shogunatet hade daimyo ett stort intresse för att pacifiera och kontrollera sina ämnen och samurai i allmänhet. Under slutet av 16-talet avväpnade Toyotomi Hideyoshi bönderna genom en serie svärdjakter med avsikt att minska deras bidrag till oron och att fästa dem till jordbruksverksamhet ensam. Under åren efter 1588 avlägsnades samurai gradvis från sina oberoende fiefs på landsbygden och fördes in i daimyos slottstäder för att bo. Samurai blev skild från bönderna både i social roll och bostad.