universitetet grundades som San Jose Bible College 1939, i San Jose av William Jessup, skolans första President. Eugene Claremont Sanderson hade ursprungligen startat en skola som heter Evangel Bible University i San Jose 1934 men kunde inte göra den livskraftig. Som ett resultat rekryterade han William Jessup, en av hans tidigare studenter att ta över. År 1951, med skolan expanderande och San Jos Kazaki State University tvärs över gatan inkräktar, flyttade San Jose Bible College till ett paket gränsat till Coyote Creek, 12th Street och nästan 30 år senare av I-280. Klassrumsbyggnader i spansk stil och flera sovsalar utgjorde det lilla campus.William Jessup gick i pension 1960 och efterträddes av Alvan L. Tiffin. Senare var Woodrow Phillips, en alumn, president från 1968 till 1979 och Chuck Boatman var President från 1979 till 1984. Dr. Bryce Jessup, en Pepperdine University alumn och son till den ursprungliga presidenten, var President från 1984-2010, när han gick i pension. Dr. John Jackson valdes till sjätte President i mars 2011.
1989 döptes skolan om till San Jose Christian College och ackrediterades regionalt av WASC 2002. Eftersom administrationen inte kunde hitta en ny plats i Santa Clara Valley beslutades det att flytta till Sacramento metropolitan City of Rocklin i April 2003. Högskolan flyttade officiellt från sitt San Jose-campus i juni 2004. Vid denna tidpunkt döptes högskolan till William Jessup University. En gren campus har behållits i San Jose som främst tjänar icke-traditionella och doktorander.
den nuvarande platsen var tidigare en Herman Miller möbelfabrik, och många av byggnaderna designades av Frank Gehry.