Die Florida High School Athletic Association wurde am 9. April 1920 von einer Gruppe von 29 Schulleitern gegründet, die sich auf dem Campus der University of Florida in Gainesville trafen. Die Organisation wurde als Florida High School Athletic Association gegründet. Der Name wurde 1951 in Florida High School Activities Association geändert. Der Name wurde 2002 in Florida High School Athletic Association geändert.
Die 29 Schulen, die Gründungsmitglieder wurden, waren: Summerlin (Bartow), Clearwater, Festland (Daytona Beach), Seabreeze (Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Suwannee (lebende Eiche), Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Quincy, Seminole (Sanford), Ketterlinus (St. Augustine) In der Nähe befinden sich U.a.: St. Petersburg, Leon (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee (Wauchula), West Palm Beach und Winter Haven.
Die erste Verfassung beschränkte die Mitgliedschaft auf öffentliche Schulen. 1930 wurde es jedoch geändert, um die Mitgliedschaft auch für Privat- und Pfarrschulen zu öffnen.Im Jahr 1951 stimmten die Mitgliedsschulen dafür, das Wort „sportlich“ in „Aktivitäten“ im Organisationsnamen zu ändern, so dass nicht-sportliche Aktivitäten wie Musik- und Studentenratsprogramme auch auf staatlicher Ebene angemessen überwacht würden.
Der Verein wurde 1962 gegründet. Während die Satzung des Vereins die Teilnahme nicht-weißer Schüler nie ausdrücklich ausgeschlossen hatte, nahm keiner bis 1967 teil, als die rein schwarze Gibbs High School nicht nur am Basketball teilnahm, sondern auch die Staatsmeisterschaft gewann. 1968 löste sich die FIAA auf. Die FHSAA hat die Leistungen der schwarzen Gymnasien nie umfassend in ihre Rekordbücher aufgenommen.
Im Jahr 1996 verabschiedete die FHSAA Vorschriften, die es Studierenden, die an Home Education-Programmen teilnehmen, gestatten, an interscholastischen Aktivitäten teilzunehmen. Die Vorschriften würden es dem zukünftigen Heisman Trophy-Quarterback Tim Tebow später ermöglichen, am Highschool-Football teilzunehmen; Ähnliche Regeln, die später von anderen Staaten verabschiedet wurden, würden daher als „Tebow-Regel“ bezeichnet.Im Mai 1997 erkannte der Gesetzgeber von Florida die FHSAA als Leitungsgremium für interscholastische Leichtathletik in Florida an, sofern der Verband die Bestimmungen einer gesetzlich vorgeschriebenen Überarbeitung seiner Regierungsstruktur einhält.
Der Name wurde 2002 wieder in Florida High School Athletic Association geändert. Per August 2007 hat die FHSAA eine Mitgliedschaft von 748 Schulen.
Im Jahr 2017 hat der Verband eine Punktemethode für die Rangliste von Fußballmannschaften für die Playoffs der Staatsmeisterschaften eingeführt. Punkte werden auf der Grundlage von Gewinnen vergeben, und Verluste, Gegner Aufzeichnungen, und vergangene Playoff-Rekorde.