1849 erkrankte Tubman schwer an Komplikationen ihrer Kopfverletzung, und ihr Besitzer beschloss, sie zu verkaufen, konnte aber keinen Käufer finden. Nach dem plötzlichen Tod ihres Besitzers begann die Familie, alle Sklaven zu verkaufen. Tubman wollte ihre Familie nicht trennen und war entschlossen zu fliehen. Ein erster Versuch, bei dem Tubman von ihren Brüdern begleitet wurde, wurde abgebrochen, als sie Bedenken hatten. Tubman beschloss, es selbst noch einmal zu versuchen, und sie floh über die U-Bahn nach Pennsylvania.
Tubman ließ sich in Philadelphia nieder und konnte sich mit Gelegenheitsjobs selbst versorgen. Aber 1850 kam die Nachricht, dass ihre Nichte und ihre beiden Kinder verkauft werden sollten. Tubman war entschlossen zu helfen und ging zurück nach Maryland. Mit Hilfe ihres Schwagers konnte Tubman ihre Nichte und die beiden Kinder sicher nach Philadelphia zurückbringen. Dies war die erste von vielen Reisen, die Tubman unternehmen würde, um Familienmitglieder und andere in die Freiheit zu führen. Auf einer Expedition kontaktierte Tubman ihren Mann in der Hoffnung, dass er ihr nach Pennsylvania folgen würde, aber er hatte wieder geheiratet und zog es vor, in Maryland zu bleiben.Im Laufe von 11 Jahren rettete Tubman über 70 Sklaven aus Maryland und half 50 oder 60 anderen auf ihrem Weg nach Kanada. Während dieser Zeit wuchs ihr Ruf in der abolitionistischen Gemeinschaft und sie lernte Frederick Douglass und John Brown kennen. Sie verlegte auch ihre Operationsbasis nach Auburn, New York, näher an der kanadischen Grenze. Tubman führte ihre letzte Rettungsmission im November 1861 durch, als der Bürgerkrieg die Nation einhüllte.Tubman bot ihre Dienste der Unionsarmee an, und Anfang 1862 ging sie nach South Carolina, um die dringend benötigte Pflege für schwarze Soldaten und neu befreite Sklaven zu gewährleisten. In Zusammenarbeit mit General David Hunter begann Tubman auch Spionage- und Aufklärungsmissionen hinter den Linien der Konföderierten. Im Juni 1863 begleitete sie Colonel James Montgomery bei einem Angriff auf mehrere Plantagen entlang des Combahee River und rettete mehr als 700 Sklaven. Ihre Tat wurde in der Presse gefeiert und sie wurde noch berühmter.Mit dem Ende des Krieges kehrte Tubman nach Auburn, NY, zurück und heiratete einen Bürgerkriegsveteranen. Obwohl ihr Dienst in der Unionsarmee viel publik gemacht wurde, hatte sie große Schwierigkeiten, eine Rente von der Regierung zu bekommen, erhielt aber schließlich in den 1880er Jahren eine Krankenschwesterrente. Sie blieb in ihren späteren Jahren nicht untätig und übernahm die Sache des Frauenwahlrechts mit der gleichen Entschlossenheit, die sie für die Abschaffung gezeigt hatte.Tubman gründete das Harriet Tubman Home for the Aged auf einem Grundstück neben ihrem eigenen. Nachdem sie sich einer Gehirnoperation unterzogen hatte, um die Symptome der Kopfverletzung zu lindern, die sie seit ihrer Kindheit geplagt hatte, und im Wesentlichen mittellos war, musste Tubman 1911 selbst in das Haus ziehen. Sie starb dort am 10.März 1913, umgeben von Familie und Freunden. Sie wurde mit militärischen Ehren auf dem Fort Hill Cemetery in Auburn beigesetzt.