Rutherford heiratete im Juni 2001 den venezolanischen Bankier Carlos Tarajano. Rutherford reichte im Januar 2002 nach sechsmonatiger Ehe die Scheidung ein. Die Hochzeit wurde kurz darauf in der Februar-Ausgabe 2002 des InStyle-Magazins vorgestellt.Rutherford heiratete im August 2006 ihren zweiten Ehemann, den deutschen Geschäftsmann Daniel Giersch. Sie gebar ihr erstes Kind, Sohn Hermés Gustaf Daniel Giersch, im Oktober 2006.Als Rutherford mit ihrem zweiten Kind schwanger war, reichte sie am 30.Dezember 2008 die Scheidung von Giersch ein. Rutherford und Giersch wurden anschließend in einen Sorgerechtsstreit um ihren Sohn und ihr ungeborenes Kind verwickelt. Rutherford gebar ihr zweites Kind, Tochter Helena, im Juni 2009.Im August 2009 einigten sich Rutherford und Giersch auf eine vorübergehende Regelung des gemeinsamen Sorgerechts, die bis April 2010 galt. Rutherford erhielt im folgenden Monat auch eine einstweilige Verfügung gegen ihn.
Giersch’s U.S. das Visum wurde im April 2012 widerrufen, nachdem Rutherfords Anwalt das Außenministerium über Fragen im Zusammenhang mit Gierschs Geschäften informiert hatte, was das Ministerium zu dem Schluss brachte, dass sie über ausreichende Beweise verfügten, um ihn abzuschieben.Es wurde berichtet, dass die Vorwürfe Betrug oder eine Beteiligung am Drogen- und Waffenhandel in Südamerika betrafen, der nach dem Victory Act als Terrorismus gilt. Giersch konnte daher nicht in die USA einreisen und ließ sich in Frankreich und Monaco nieder. Im Mai 2012 gingen die Kinder von Rutherford und Giersch nach Frankreich, um den Sommer mit ihrem Vater zu verbringen. Rutherford bat das Gericht, ihr das alleinige Sorgerecht zu gewähren, damit sie die Kinder nach ihrem Besuch in Frankreich hauptsächlich in den USA behalten konnte, da die bestehende gemeinsame Sorgerechtsvereinbarung erforderte, dass sie häufig reiste, damit Giersch Zeit mit den Kindern verbringen konnte.Im August 2012 entschied ein Richter des California Superior Court in einer weit verbreiteten Entscheidung, dass die 50/50-Sorgerechtsvereinbarung bestehen bleiben sollte und dass die Kinder, da Giersch nicht in die USA reisen kann, mit ihm in Frankreich leben und dort die Schule besuchen sollten Rutherford reist dorthin, um sie zu besuchen. Obwohl Rutherford sich der Entscheidung widersetzte und eine Aussetzung des Verfahrens beantragte, während sie Berufung einlegte, Ihr Antrag wurde abgelehnt und es wurde entschieden, dass, in zwei Jahren, Seine Berechtigung zur Einreise in die Vereinigten Staaten und das daraus resultierende Wohlergehen der Kinder werden neu bewertet.Im Juni 2013 meldete Rutherford Insolvenz an und gab an, Schulden in Höhe von rund 2 Millionen US-Dollar zu haben, hauptsächlich aufgrund der 1,5 Millionen US-Dollar, die sie für Anwaltskosten im Zusammenhang mit der Scheidung und dem Sorgerechtsstreit mit Giersch aufgewendet hatte.Im Mai 2015 wurde Rutherford das vorläufige alleinige Sorgerecht für ihre Kinder gewährt, nachdem entschieden worden war, dass sowohl ihr Sohn als auch ihre Tochter aus Monaco, wo sie seit 2012 bei ihrem Vater lebten, in die USA zurückgebracht wurden. Am 23. Juli 2015 entschied ein kalifornischer Richter, dass Kalifornien nicht für Rutherfords Sorgerechtsfall zuständig sei, da sie in New York wohne und ihr ehemaliger Ehemann erneut das Sorgerecht erhalten habe.Rutherford reichte dann einen Fall in New York ein, aber am 27. Juli 2015 entschied das New Yorker Gericht, dass es auch nicht zuständig sei.Im Dezember 2015 bestätigten die Gerichte von Monaco erneut, dass das volle Sorgerecht beim Vater der Kinder verbleibt, wobei Rutherford umfangreiche Besuchsrechte in Frankreich und Monaco sowie gemeinsame Beiträge in Bezug auf „Gesundheit, Schulbildung, Religionsunterricht und Wohnortwechsel“ gewährt wurden.