Bis Komplexe bewusst gemacht und durchgearbeitet werden, wie es in der neo-Jungschen Psychotherapie üblich ist, operieren sie „autonom und stören die Absichten des Willens, stören das Gedächtnis und die bewusste Leistung“.Das Ego selbst kann als komplex betrachtet werden, der noch nicht vollständig in andere Teile der Psyche (nämlich das Über-Ich und das Es oder das Unbewusste) integriert ist. Wie von Jung beschrieben, „Unter Ego verstehe ich einen Komplex von Ideen, der das Zentrum meines Bewusstseinsfeldes darstellt und ein hohes Maß an Kontinuität und Identität zu besitzen scheint. Daher spreche ich auch von einem Ich-Komplex“.Jung benutzte oft den Begriff „komplex“, um eine teilweise unterdrückte, aber sehr einflussreiche Ansammlung von geladenem psychischem Material zu beschreiben, das vom bewussten „Ich“ abgespalten wurde oder im Widerspruch dazu stand. Daniels (2010) beschrieb Komplexe als „zusammengeklebte Agglomerationen von Gedanken, Gefühlen, Verhaltensmustern und somatischen Ausdrucksformen“. In Bezug auf seine Natur als Gefühl getönten, Jung schrieb “ ist das Bild einer bestimmten psychischen Situation, die emotional stark akzentuiert und ist, außerdem, unvereinbar mit der gewohnten Haltung des Bewusstseins. Dieses Bild hat eine starke innere Kohärenz, es hat seine eigene Ganzheit und darüber hinaus ein relativ hohes Maß an Autonomie, so dass es nur in begrenztem Maße der Kontrolle des Bewusstseins unterliegt und sich daher wie ein animierter Fremdkörper in der Bewusstseinssphäre verhält.“
Einige Komplexe können die Macht des Egos an sich reißen und psychische Störungen und Symptome verursachen, die sich aus der Entwicklung einer Neurose ergeben. Jung beschrieb die autonome, selbstlenkende Natur von Komplexen, als er sagte:
„Was nicht so bekannt ist, aber theoretisch viel wichtiger ist, ist, dass Komplexe uns haben können. Die Existenz von Komplexen wirft ernsthafte Zweifel an der naiven Annahme der Einheit des Bewusstseins, die mit ‚Psyche‘ gleichgesetzt wird, und an der Vorherrschaft des Willens auf. Jede Konstellation eines Komplexes postuliert einen gestörten Bewusstseinszustand. Die Einheit des Bewusstseins wird gestört und die Absichten des Willens werden behindert oder unmöglich gemacht. Sogar das Gedächtnis ist oft merklich betroffen, wie wir gesehen haben. Der Komplex muss daher ein psychischer Faktor sein, der energetisch einen Wert besitzt, der manchmal den unserer bewussten Absichten übersteigt, sonst wären solche Störungen der bewussten Ordnung überhaupt nicht möglich. Und tatsächlich versetzt uns ein aktiver Komplex augenblicklich in einen Zustand des Zwangs, des zwanghaften Denkens und Handelns, für den unter bestimmten Bedingungen der einzig geeignete Begriff der gerichtliche Begriff der verminderten Verantwortung wäre.“
Andererseits sprach Jung von den „differenzierenden Funktionen“ im Wesentlichen als der gesunden Entwicklung nützlicher Komplexe, jedoch nicht ohne oft unerwünschte Nebenwirkungen hervorzurufen.
„Es ist wahr, dass wir dies nicht als Besessenheit durch einen Komplex bezeichnen, sondern als Einseitigkeit. Dennoch ist der tatsächliche Zustand ungefähr derselbe, mit dem Unterschied, dass die Einseitigkeit vom Individuum beabsichtigt und mit allen ihm zur Verfügung stehenden Mitteln gefördert wird, während der Komplex als schädlich und störend empfunden wird. Die Menschen sehen oft nicht, dass bewusst gewollte Einseitigkeit eine der wichtigsten Ursachen eines unerwünschten Komplexes ist und dass umgekehrt bestimmte Komplexe eine einseitige Differenzierung von zweifelhaftem Wert verursachen.
In psychologischen Typen beschreibt Jung die Auswirkungen von Spannungen zwischen den dominanten und minderwertigen Differenzierungsfunktionen, die häufig Komplexe und Neurosen bilden, in hoch- und sogar extrem einseitigen Typen.
„In den vorangegangenen Beschreibungen möchte ich meinen Lesern nicht den Eindruck vermitteln, dass diese Typen im wirklichen Leben in so reiner Form überhaupt häufig vorkommen. Es sind sozusagen nur galtoneske Familienporträts, die die gemeinsamen und damit typischen Merkmale herausgreifen und überproportional betonen, während die einzelnen Merkmale ebenso überproportional ausgelöscht werden.