Die in Kryptogrammen verwendeten Chiffren wurden ursprünglich nicht zu Unterhaltungszwecken erstellt, sondern zur echten Verschlüsselung militärischer oder persönlicher Geheimnisse.Die erste Verwendung des Kryptogramms zu Unterhaltungszwecken erfolgte im Mittelalter durch Mönche, die Freizeit für intellektuelle Spiele hatten. Ein in Bamberg gefundenes Manuskript besagt, dass irische Besucher des Hofes von Merfyn Frych ap Gwriad (gestorben 844), König von Gwynedd in Wales, ein Kryptogramm erhielten, das nur durch Transponieren der Buchstaben aus dem Lateinischen ins Griechische gelöst werden konnte. Um das dreizehnte Jahrhundert schrieb der englische Mönch Roger Bacon ein Buch, in dem er sieben Chiffriermethoden auflistete und erklärte, dass „ein Mann verrückt ist, der ein Geheimnis auf andere Weise schreibt als eines, das es vor dem Vulgären verbirgt.“ Im 19.Jahrhundert half Edgar Allan Poe, Kryptogramme mit vielen Zeitungs- und Zeitschriftenartikeln zu popularisieren.Bekannte Beispiele für Kryptogramme in der zeitgenössischen Kultur sind die syndizierten Zeitungspuzzles Cryptoquip und Cryptoquote von King Features.
In einer öffentlichen Herausforderung, Schriftsteller J.M. Appel gab am 28. September 2014 bekannt, dass die Inhaltsverzeichnisseite seiner Kurzgeschichtensammlung Scouting for the Reaper auch als Kryptogramm diente, und er versprach eine Auszeichnung für den ersten, der es löste.