Kelly gab ihr professionelles Schauspieldebüt in dem faktenbasierten TV-Film Love, Lies and Murder und spielte den Teenager Cinnamon Brown, der von ihrem Vater gezwungen wurde, seine Frau und ihre Stiefmutter Linda Brown zu töten. Sie sollte ursprünglich eine Hauptrolle als Polly Pry in Trey Parker und Matt Stones Cannibal spielen! Kelly war überzeugt, dies nicht von ihrem Agenten zu tun, da sie befürchtete, dass dies ihre Karriere ruinieren könnte, und wurde schließlich durch Toddy Walters ersetzt, obwohl sie im Abspann immer noch unter ihren Initialen „M.K.“ als „der Aussetzer“. Sie spielte kleine Rollen in den Filmen The Boy Who Cried Bitch, Hi-Life und Billy Bathgate, bevor sie als Donna Hayward in Twin Peaks: Fire Walk with Me besetzt wurde. Für diesen Film ging sie nach Hause und bekam die Erlaubnis ihres Priesters wegen einer expliziten Sexszene. Im selben Jahr spielte sie neben D. B. Sweeney in der romantischen Komödie The Cutting Edge und spielte zwei Rollen gegenüber Robert Downey Jr. in Chaplin. Laut einem TV Guide-Interview, bevor sie ihre Rolle in Daybreak übernahm, Kelly bat ihren Priester erneut um Rat: „Als Katholik fragte ich mich, ob es gegen meine Religion wäre, ein Mädchen zu spielen, das vorehelichen Sex hat.“ Der Priester sagte ihr: „Es war in Ordnung, solange meine künstlerischen Absichten wahr waren und ich es nicht wegen der Bekanntheit oder des Geldes tat.“Seitdem ist sie unter anderem in den Filmen With Honors, Little Odessa, The Tie That Binds und Dangerous Beauty zu sehen und lieferte die erwachsene Stimme von Nala in Disneys Der König der Löwen, Der König der Löwen II: Simbas Stolz und Der König der Löwen 1½. In ihrer unabhängigen Filmkarriere, Kelly hatte die Hauptrolle der Aktivistin Dorothy Day in Entertaining Angels: Die Dorothy Day Geschichte und spielte neben Glenn Close in Die Sicherheit von Objekten. Sie spielte Helen Keller in dem Fernsehfilm Montag nach dem Wunder, der am 15.November 1998 auf CBS ausgestrahlt wurde.
Kelly spielte in dem CBS-Drama, um & gegenüber Jason Beghe zu halten, bevor er Mandy Hampton in der ersten Staffel von The West Wing spielte. Im Jahr 2003 begann Kelly, die alleinerziehende Mutter Karen Roe im Teenie-Drama One Tree Hill zu spielen. Sie leitete auch zwei Episoden der Serie: „Resolve“ (2007) und „I Slept with Someone in Fall Out Boy and All I Got Was This Stupid Song Written About Me“ (2006). In der fünften Staffel hörte sie auf, ein regulärer Darsteller zu sein, machte aber Gastauftritte in der 100. Sie hat Gastauftritte in Fernsehshows wie Heroes, Law & Order und Numb3rs. Kelly war auch in den Filmen Remember the Daze, A Smile as Big as the Moon, Taken Back: Finding Haley und Girl in the Bunker zu sehen.