In N steuert der Spieler einen Ninja, der durch kachelbasierte Levels navigiert und gleichzeitig Gefahren ausweicht, Gold sammelt und schließlich eine Ausgangstür öffnet, die das Level vervollständigt. Gameplay beinhaltet vier Tasten-eine Bewegung-Links-Taste (Standard-Pfeil nach links), eine Bewegung-Rechts-Taste (Standard-Pfeil nach rechts), Springen (Standard-Shift-Taste, obwohl z-Taste ist eine gemeinsame Alternative) und Selbstmord (Standard-k-Taste). Kombinationen aus Bewegen und Springen auf verschiedenen Geländetypen ermöglichen es dem Ninja, eine Vielzahl von Bewegungen auszuführen, z. B. von Wand zu Wand zu springen, vertikale Steigungen hinaufzuklettern und steile Oberflächen hinunterzurutschen.
Version 1.4 von N enthält 100 Episoden (nummeriert 00 bis 99), während Version 2.0 120 Episoden enthält (da zwei Bonusspalten nach Abschluss der Hauptspielepisoden freigeschaltet werden können). Jede Episode in allen Iterationen des Spiels verfügt über fünf Ebenen (nummeriert 0 bis 4). N unterstützt auch benutzerdefinierte Ebenen. Dies geschieht über einen integrierten Level-Editor namens NEd oder den „N Editor“. Ebenen können einem Spiel hinzugefügt werden, indem eine dem Spiel beigefügte Textdatei geändert wird, die Daten auf Benutzerebene enthält.
N 1.4 hat insgesamt 500 Karten, von denen 450 von der Metanet-Software erstellt wurden; 2.0 enthält 600 Levels, von denen 500 von der Metanet-Software erstellt wurden. Die restlichen 50 Levels in 1.4 sind die Benutzerebenen, die von Metanet im Jahr 2005 von Hand ausgewählt wurden, während die restlichen 100 Levels in 2.0 vom Benutzer erstellte Levels waren, die Ende 2012 von einer Gruppe von Fans ausgewählt und 2013 von Metanet Software fertiggestellt wurden. (Das Team hinter der Shortlist-Auswahl wurde in den Credits des Spiels unter ihren jeweiligen Aliasen aufgeführt.) Das Ziel jedes Levels ist es, den Schalter auszulösen und innerhalb des Zeitlimits durch die Tür zu gelangen, die er öffnet. Einige Level haben mehr als einen Ausgang und einen zugehörigen Schalter, was dem Spieler mehr Freiheit gibt, seine Route und Methode zum Vervollständigen der Karte zu bestimmen. Jede Episode erhält ein kumulatives Zeitlimit. Zu Beginn von Level 0 hat der Spieler 90 Sekunden Zeit, um die nächsten fünf Level zu beenden. Das Zeitlimit der Episode kann durch das Sammeln von Gold erhöht werden, was zwei Sekunden pro Stück hinzufügt. Die am Ende eines jeden Levels verbleibende Zeit wird auf das nächste Level übertragen. Die einzige Ausnahme ist das letzte Level, in dem die verbleibende Zeit zur Punktzahl dieser Episode wird.