Das politische System von Tokugawa war vielleicht das komplexeste Feudalsystem, das jemals entwickelt wurde. Es war ähnlich dem europäischen Feudalsystem (Papst, Kaiser oder König, Feudalbarone und Gefolgsleute in Europa im Vergleich zum Kaiser, dem Shogun, dem Daimyo und den Samurai-Gefolgsleuten in Japan), aber es war auch sehr bürokratisch, ein Attribut, das nicht mit dem europäischen Feudalismus verbunden ist.
Dieses politische System wurde das Bakuhan-System genannt. Baku kommt von Bakufu, der Regierung, mit der die Tokugawa-Führer ihre privaten Angelegenheiten in ihrem eigenen Lehen verwalteten. Han bedeutet Domäne und bezieht sich auf die über 250 Domains, die während der Edo-Zeit existierten. So bezieht sich Bakuhan auf die Koexistenz der Tokugawa-Regierung mit separaten, unabhängigen Regierungen in jedem der Lehen. Da jeder Daimyo ein Gefolgsmann des Shoguns war, hatte der Bakufu oder Shogunat eine gewisse Macht in ganz Japan. Dies war kein föderales System oder gar eine zentralisierte Hierarchie politischer Autoritäten; es war vielmehr ein System, in dem zwei Regierungsebenen mit einem hohen Grad an Unabhängigkeit existierten.
Das Tokugawa-Shogunat war jeder Herrschaftsregierung insofern sehr ähnlich, als es zunächst für die Verwaltung eines begrenzten Territoriums, des Lehens des Tokugawa-Hauses, verantwortlich war. Als solches befasste es sich mit der Kontrolle der Samurai-Klasse, der Erhebung von Steuern (hauptsächlich auf die Landwirtschaft), der Aufrechterhaltung der bürgerlichen Ordnung, der Verteidigung des Lehens, der Kontrolle der Städte, der Förderung des Handels und der Herstellung, die vom Lehen gefordert wurden, der Begrenzung unerwünschter Arten des Handels und so weiter. In den meisten Bereichen war der Umfang der Regierung ähnlich. Tatsächlich kopierten die meisten Domänen im Laufe der Edo-Zeit das System des Shogunats.
Das Tokugawa-Shogunat hatte auch Verantwortlichkeiten und Sorgen, die über die gewöhnlichen Bereiche hinausgingen; Die Tokugawa-Shogune waren schließlich Hegemonen, die über ein ganzes Land präsidierten.
Die Tokugawa-Regierung befasste sich allein mit dem kaiserlichen Hof, dem kaiserlichen Adel und dem Kaiser selbst. Der Kaiser war die Quelle der Legitimität, da das Amt des Shoguns eine kaiserliche Ernennung war. Darüber hinaus konzentrierte sich der Konfuzianismus, der während der Edo-Zeit die offizielle Ideologie des Tokugawa-Hauses war, auf den Kaiser. So errichtete das Tokugawa-Shogunat ein Monopol auf den Zugang zum kaiserlichen Hof. Im Laufe der Zeit wurde das Monopol verletzt, aber es ist im Wesentlichen wahr, dass die Tokugawa das Gericht für ihre eigenen Zwecke kontrollierten und manipulierten.
Das Shogunat besaß fast ein Monopol über Außenhandel und auswärtige Angelegenheiten. Das Handelsmonopol war wichtig, weil allein den Tokugawa erhebliche Gewinne zur Verfügung standen. Der Außenhandel war auch über die Satsuma-Domäne zum Ryukyu-Königreich (Okinawa) und über die Tsushima-Domäne nach Korea gestattet, aber im Allgemeinen wurden diplomatische Angelegenheiten von den Tokugawa streng kontrolliert.Die Außenbeziehungen waren von entscheidender Bedeutung, weil die Kontrolle über sie der politischen Öffentlichkeit erklärte, dass das Tokugawa-Haus die Kontrolle über alle Aspekte der Regierung hatte; Es war eine zusätzliche Quelle der Legitimität. Dementsprechend beschränkte das Tokugawa-Shogunat den diplomatischen Kontakt, indem es allen Europäern außer den Holländern verbot, nach 1639 nach Japan zu kommen; dies war die Politik der nationalen Abgeschiedenheit (Sakoku). Aber auch die Abgeschiedenheit war eine Machtausübung, die die Beobachter beeindruckte und zur Unterwerfung ermutigte.
Die vielleicht wichtigste Rolle des Shogunats war die Kontrolle über die Domänen, die Han. Dies war genau das, was in der Zeit der Kriegführenden Staaten gefehlt hatte, die Fähigkeit der zentralen Autorität, Frieden durchzusetzen. In den vierzig Jahren vor der Edo-Zeit entwickelten die drei Unifiers Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi und Tokugawa Ieyasu ein System, das sich zunehmend als in der Lage erwies, die Loyalität und den Gehorsam der Vasallen sicherzustellen. Das Tokugawa-Shogunat nahm diese Erfahrung und verfeinerte sie zur Perfektion.
Zu den Elementen dieses Systems gehörte ein Polizei- und Spionagenetzwerk, das verdächtige Aktivitäten von Samurai oder Daimyo meldete. Daimyo mussten alle vorgeschlagenen Ehebündnisse zwischen Domänen dem Shogunat zur Genehmigung melden. Der Kontakt zwischen Domänen wurde verboten, um die Möglichkeiten für Verschwörungen gegen das Shogunat zu verringern. Die Anzahl der Burgen, ihre Größe und ihre Stärke waren sehr streng begrenzt.
Das Shogunat könnte Daimyo für Übertretungen auf verschiedene Arten bestrafen; eine Domäne könnte verkleinert werden, der Daimyo könnte in eine völlig andere Domäne verschoben werden, oder, die ultimative Sanktion, Selbstmord könnte gefordert werden, vielleicht mit der zusätzlichen Bestrafung seiner Abstammungslinie, deren Status auf eine Nicht-Daimyo-Ebene reduziert wird.
Der wichtigste Aspekt des Systems zur Kontrolle der Han war das Sankin-Kotai-System oder das System des alternativen Wohnsitzes in Edo. Dies entstand aus der Praxis der Warring States, hochrangige Geiseln von Vasallen oder Verbündeten zu fordern, um gutes Benehmen zu garantieren. Der Gründer des Shogunats, Tokugawa Ieyasu, war als kleiner Junge fast 13 Jahre lang selbst eine Geisel.
Die Tokugawa formalisierten jedoch die Geiselnahme. Sie legten Regeln fest, die für jeden Daimyo jedes Jahr einen Zeitraum (oder zwei oder drei) festlegten, in dem der Daimyo in Edo leben muss. Die Familie des Daimyo musste in Edo leben, wenn der Daimyo in seine Domäne zurückkehrte, so dass der eine als Geisel für den anderen stand.Dies brachte nicht nur Geiseln, sondern stellte auch eine wirtschaftliche Belastung für den Daimyo dar, die Ressourcen ableitete, die sonst in militärische Vorbereitungen gegen das Shogunat geflossen wären. Die Daimyo mussten sowohl in Edo als auch in ihrer Domäne eine große Residenz und Unterstützungseinrichtungen unterhalten. Sie mussten auch entlang einer vom Shogunat diktierten Route von und nach Edo reisen. Die meisten reisten auf dem Tokaido, weil der Nakasendo vom kaiserlichen Hof benutzt wurde, aber die Gesamtlast wurde zwischen den beiden Straßen verteilt. Das gesamte System verbrauchte etwa 25% des Einkommens, das den meisten Daimyo zur Verfügung stand.
Das Shogunat war jedoch nur ein Teil des Bakuhan-Systems; Die Domänen waren die anderen. Die Domänen waren in Bezug auf ihre internen Regelungen unabhängig, solange es keinen Konflikt mit den Interessen des Shogunats gab. In der Praxis duplizierten die Domänen freiwillig das Regierungssystem des Shogunats in hohem Maße, da die Interessen und Probleme eines Daimyo auf seiner Ebene denen des Shogunats ähnelten: wie man Stabilität und Ordnung aufrechterhält. Außerdem, Die Befugnisse, die das Shogunat über die Domänen ausübte, zwangen die Domänen, sich auf die gleiche Weise zu verhalten, da sie denselben Anforderungen ausgesetzt waren.Zum Beispiel unterhielten alle wesentlichen Domänen kommerzielle Operationen in Osaka, dem nationalen Markt, um Reis und andere Waren zu verkaufen, um das für das alternative Anwesenheitssystem erforderliche Bargeld aufzubringen. Diese Standardisierung trug wesentlich dazu bei, regionale Unterschiede und potenzielle Antagonismen während der gesamten Edo-Zeit zu verringern.Wie das Shogunat hatten die Daimyo ein großes Interesse daran, ihre Untertanen und die Samurai im Allgemeinen zu befrieden und zu kontrollieren. Im späten 16.Jahrhundert entwaffnete Toyotomi Hideyoshi die Bauern durch eine Reihe von Schwertjagden mit der Absicht, ihren Beitrag zum Aufruhr zu reduzieren und sie allein auf landwirtschaftliche Aktivitäten zu beschränken. In den Jahren nach 1588 wurden Samurai schrittweise aus ihren unabhängigen Lehen auf dem Land entfernt und in die Burgstädte der Daimyos gebracht, um dort zu leben. Die Samurai wurden sowohl in ihrer sozialen Rolle als auch in ihrem Wohnort von der Bauernschaft getrennt.