Die Universität wurde 1939 als San Jose Bible College in San Jose von William Jessup, dem ersten Präsidenten der Schule, gegründet. Eugene Claremont Sanderson hatte ursprünglich 1934 eine Schule namens Evangel Bible University in San Jose gegründet, konnte sie aber nicht lebensfähig machen. Als Ergebnis, er rekrutierte William Jessup, einer seiner ehemaligen Schüler zu übernehmen. Bis 1951, mit der Erweiterung der Schule und der San José State University auf der anderen Straßenseite, zog das San Jose Bible College in ein Grundstück, das von Coyote Creek, 12th Street und fast 30 Jahre später von I-280 begrenzt wurde. Klassenzimmer im spanischen Stil und mehrere Schlafsäle bildeten den kleinen Campus.William Jessup ging 1960 in den Ruhestand und wurde von Alvan L. Tiffin abgelöst. Später war Woodrow Phillips, ein Alumnus, Präsident von 1968 bis 1979 und Chuck Boatman war Präsident von 1979 bis 1984. Dr. Bryce Jessup, ein Alumnus der Pepperdine University und Sohn des ursprünglichen Präsidenten, war Präsident von 1984-2010, als er in den Ruhestand ging. Dr. John Jackson wurde im März 2011 zum sechsten Präsidenten gewählt.1989 wurde die Schule in San Jose Christian College umbenannt und 2002 von WASC regional akkreditiert. Da die Verwaltung keinen neuen Standort im Santa Clara Valley finden konnte, wurde beschlossen, im April 2003 in die Metropole Rocklin in Sacramento zu ziehen. Das College zog im Juni 2004 offiziell von seinem Campus in San Jose um. Zu dieser Zeit wurde das College in William Jessup University umbenannt. In San Jose wurde ein Zweigcampus beibehalten, der hauptsächlich nicht-traditionellen Studenten und Doktoranden dient.
Der heutige Standort war früher eine Möbelfabrik von Herman Miller, und viele der Gebäude wurden von Frank Gehry entworfen.