sanan alkuperä on epävarma, mutta flanellia muistuttavaksi kankaaksi on ehdotettu Walesia, jossa se tunnettiin hyvin jo 1500-luvulla. Ranskankielistä termiä flanelle käytettiin 1600-luvun lopulla ja saksankielistä termiä Flanell 1700-luvun alussa.
flanellia on valmistettu 1600-luvulta lähtien, ja se syrjäytti vähitellen vanhemmat Walesin tasangot, joista osa viimeisteltiin ”cottoneiksi” eli friiseiksi, jotka olivat paikallinen tekstiilituote. 1800-luvulla flanellia valmistettiin erityisesti Newtownin, Montgomeryshiren, Hay on Wyen ja Llanidloesin kaupungeissa. Sen tuotannon laajeneminen liittyy läheisesti karstaamojen leviämiseen, sillä ne valmistivat villaa kehruuta varten, ja tämä oli ensimmäinen koneellistettava Villakankaan tuotanto (täytettä lukuun ottamatta). Näiden walesilaisten villavaatteiden markkinointia valvoi suurelta osin Shrewsburyn Drapers-yhtiö.
aikoinaan walesilaiset, Yorkshirelaiset, Lancashireläiset ja irlantilaiset flanellit erosivat hieman toisistaan johtuen paljolti useilla paikkakunnilla käytetyn raakavillan laadusta; jotkut olivat pehmeämpiä ja hienompia kuin toiset. Nykyään flanellin väri määräytyy väriaineiden avulla, mutta alun perin tämä saavutettiin sekoittamalla valkoista, sinistä, ruskeaa ja mustaa villaa vaihtelevissa suhteissa. Vaaleampia sävyjä saatiin vaalentamalla rikkidioksidilla.
alun perin se oli valmistettu hienosta, lyhyestä katkovillasta, mutta 1900-luvulle tultaessa seokset silkistä ja puuvillasta olivat yleistyneet. Näihin aikoihin flanellihousuista tuli suosittuja urheilussa, erityisesti kriketissä, jossa niitä käytettiin runsaasti 1970-luvun lopulle asti.
flanellipaitojen käyttö oli huipussaan 1990-luvulla, kun Suositut grunge-yhtyeet kuten Nirvana ja Pearl Jam käyttivät niitä yhtenä takkuisen lookinsa tavaramerkkinä. Harva tuolloin saatavilla olleista massatuotetuista ruutupaidoista oli kuitenkaan todellisuudessa tehty flanellista. Flanellin ja ruutukankaan assosiaatio on johtanut flanellin käyttöön ruutukankaan synonyyminä.