Florida High School Athletic Associationin perusti 9.huhtikuuta 1920 ryhmä 29 lukion rehtoria, jotka kokoontuivat Floridan yliopiston kampuksella Gainesvillessä. Järjestö perustettiin nimellä Florida High School Athletic Association. Nimi muutettiin Florida High School Activities Associationiksi vuonna 1951. Nimi muutettiin takaisin Florida High School Athletic Associationiksi vuonna 2002.
peruskirjaan liittyneet 29 koulua olivat: Summerlin (Bartow), Clearwater, Manner (Daytona Beach), Seabreeze (Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Suwannee (Live Oak), Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Quincy, Seminole (Sanford), Ketterinus (St. Augustine), St. Petersburg, Leon (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee (Wauchula), West Palm Beach ja Winter Haven.
ensimmäisessä perustuslaissa jäsenyys rajoitettiin kansakouluihin. Vuonna 1930 sitä kuitenkin muutettiin niin, että jäsenyys avautui myös yksityisille ja seurakuntalaisille kouluille.
vuonna 1951 jäsenkoulut äänestivät sen puolesta, että järjestön nimessä sana ”urheilullinen” muutettaisiin ”toiminnaksi”, jotta myös ei-urheilullinen toiminta, kuten musiikki-ja oppilaskuntaohjelmat saisivat kunnollista valvontaa valtion tasolla.
yhdistys perustettiin vuonna 1962. Vaikka yhdistyksen peruskirja ei ollut koskaan nimenomaisesti sulkenut pois ei-valkoinen opiskelijoiden osallistumista, kukaan todella osallistui vasta 1967, kun kaikki-musta Gibbs High School ei vain osallistui koripallo, mutta voitti valtion mestaruuden. Vuonna 1968 FIAA hajosi. FHSAA ei ole koskaan sisällyttänyt kattavasti mustien lukioiden saavutuksia ennätyskirjoihinsa.
vuonna 1996 FHSAA hyväksyi säädökset, jotka sallivat kotiopetusohjelmiin ilmoittautuneiden opiskelijoiden osallistua interskolastiseen toimintaan. Säännöt sallisivat myöhemmin tulevan Heisman Trophyn pelinrakentajan Tim Tebow ’ n osallistua high school-jalkapalloon; muiden osavaltioiden myöhemmin hyväksymiä vastaavia sääntöjä kutsuttaisiin siten ”Tebow’ n säännöiksi”.
toukokuussa 1997 Floridan lainsäätäjä tunnusti fhsaa: n ohjesäännössä interscholastic athletics in Floridan hallintoelimeksi edellyttäen, että yhdistys noudattaa sen hallintorakenteen uudistamista koskevan lainsäädännön määräyksiä.
nimi muutettiin takaisin Florida High School Athletic Associationiksi vuonna 2002. Elokuusta 2007 lähtien FHSAA: ssa on 748 koulua.
vuonna 2017 liitto otti käyttöön pistemenetelmän, jolla joukkueet rankataan SM-liigan pudotuspeleihin. Pisteitä jaetaan voittojen ja tappioiden, vastustajien ennätysten ja aiempien pudotuspelien ennätysten perusteella.