Introduction
Kcat on liikevaihtoluku — substraattimolekyylin määrä, jonka kukin entsyymiyksikkö muuntaa tuotteeksi aikayksikköä kohti. Jos tiedät pitoisuus entsyymi sivustoja, voit sovittaa Kcat sijasta Vmax analysoitaessa substraatti vs. nopeus käyrä.
malli
Y = Et*kcat*X/(Km + X)
X on substraattikonsentraatio.
Y on entsyymin nopeus.
kcat on liikevaihtoluku, kuinka monta kertaa kukin entsyymisivusto muuttaa substraatin tuotteeksi aikayksikköä kohti. Tämä ilmaistaan Y-akselin aikayksiköiden käänteislukuna. Jos esimerkiksi Y on substraatin mikromooleissa minuutissa, niin kcat on substraatin molekyylien määrä, joka tuotetaan katalyyttistä kohtaa kohti minuutissa.
Km on Michaelis-Menten-vakio, samoissa yksiköissä kuin X. Se on substraattikonsentraatio, joka tarvitaan entsyymin maksiminopeuden puolittamiseen.
Et on entsyymin katalyyttisten kohtien konsentraatio. Jos entsyymillä on useita alayksiköitä, huomaa, että Et on katalyyttisten paikkojen konsentraatio, joka voi olla suurempi kuin entsyymimolekyylien konsentraatio. Y-arvot, jotka annat, ovat entsyymin nopeus, joka ilmoitetaan konsentraatioyksikköinä kertaa kohti. Et on merkittävä samoina pitoisuusyksikköinä (aikayksiköt määritellään kcat: ssa).
Vmax on suurin entsyymin nopeus samoissa yksiköissä kuin Y. sitä ei suoraan esitetä yllä olevassa mallissa. Se on nopeus entsyymin ekstrapoloitu erittäin suuria pitoisuuksia substraatin, joten on lähes aina suurempi kuin mikään nopeus mitataan teidän kokeilu. Se lasketaan kertomalla Et kertaa kcat.
suhde Michaelis-Menten-malliin
yllä esitetty käyrä on sama kuin Michaelis-Menten-mallissa määritelty käyrä. Saat identtiset käyrät, kun sovit kumpaankin malliin datasi, ja identtiset arvot Km: lle.
Michaelis-Menten-mallissa havaitaan Vmax, joka on entsyymin maksiminopeus ekstrapoloituna hyvin suuriin substraattipitoisuuksiin. Se ilmaistaan samoina yksikköinä, joita käytit Y-arvojen (entsyymiaktiivisuus) antamiseen. Yleensä on suoraviivaista ilmaista tämä (tai muuntaa ) moolia / minuutti / mg proteiinia. Vmax määritetään entsyymikohtien lukumäärän (Et) ja nopeuden perusteella, jolla entsyymi voi muuntaa substraatin tuotteeksi (kcat).
Jos tiedät määritykseen (Et) lisäämäsi entsyymikohtien pitoisuuden, voit sovittaa katalyyttisen vakion kcat yllä olevan mallin avulla.
kcat: ia laskettaessa konsentraatioyksiköt kumoavat, joten Kcat ilmaistaan käänteisen ajan yksikköinä. Se on liikevaihtoluku — substraattimolekyylin määrä, jonka jokainen entsyymiyksikkö muuntaa tuotteeksi aikayksikköä kohti.
mallin sovittaminen prismalla
1.Luo XY-datataulukko. Syötä substraattipitoisuus X: ään ja entsyymin nopeus Y: hen.jos sinulla on useita koeolosuhteita, aseta ensimmäinen sarakkeeseen A, toinen sarakkeeseen B jne. Voit myös valita Prisman näytetiedot: Entsyymikinetiikka — Michaelis-Menten.
2.Kun olet syöttänyt tiedot, valitse Analysoi, valitse epälineaarinen regressio, valitse entsyymin kinetiikan yhtälöiden paneeli ja valitse Kcat.
3.Sinun täytyy rajoittaa Et vakioarvo, perustuu muihin kokeisiin. Jos haluat rajoittaa et: n arvoa, siirry epälineaarisen regressioikkunan Rajoitusvälilehteen, varmista, että et: n vieressä oleva pudotusosa on ”vakio yhtä suuri kuin” ja syötä arvo. Otostietojen osalta merkitään Et: n arvoksi 100.
jos et tiedä Et: n arvoa, et voi sovittaa kcat: ia, vaan sen pitäisi sopia Vmax: iin. Prisman ei ole mahdollista sopia sekä kcat: iin että Et: hen, koska nämä kaksi parametria ovat kietoutuneet toisiinsa, eikä substraatin nopeuskäyrä anna tietoa niiden yksittäisistä arvoista.
4.Otostiedoilla Prism ilmoittaa, että Km= 5,886 95 prosentin luottamusvälillä 3,933 – 7,839. Kcat: n paras istuvuusarvo on 13,53 95 prosentin luottamusvälillä 11,97-15,09.
huomautuksia
•Katso oletusluettelo kaikista entsyymikinetiikkaa koskevista analyyseistä.
•tämä yhtälö sopii täsmälleen samaan käyrään kuin yhtälö, joka sopii vmaxiin, eikä vaihtolukuun Kcat. Kcat times Et: n tulo (entsyymialueiden pitoisuus) on yhtä suuri kuin Vmax.
•tämä yhtälö liittyy allosteeristen entsyymien yhtälöön. Tämä allosteerinen malli lisää lisäparametrin: mäenrinne h. kun h on yhtä kuin 1.0, kaksi mallia ovat identtisiä.