Proteiinihydrolyysi on hyödyllinen reitti yksittäisten aminohappojen eristämiseen. Esimerkkejä ovat kystiini hiusten hydrolyysistä, tryptofaani kaseiinista, histidiini punasoluista ja arginiini gelatiinista.
yleisiä elintarvikkeissa käytettyjä hydrolysoituja tuotteita ovat hydrolysoitu kasviproteiini ja hiivauute, joita käytetään arominvahventeina, koska proteiinin hydrolyysi tuottaa vapaata glutamiinihappoa. Joitakin hydrolysoituja naudanlihaproteiinijauheita käytetään erikoisruokavalioihin.
Proteiinihydrolyysillä voidaan muuttaa äidinmaidonkorvikkeiden allergeenisia ominaisuuksia. Lehmänmaidon proteiinien koon pienentäminen kaavassa tekee siitä sopivamman maitoproteiini-intoleranssista kärsivien vauvojen kulutukseen. Yhdysvaltain FDA on hyväksynyt tälle osittain hydrolysoitujen proteiinien käytölle merkinnän vuonna 2017, mutta samana vuonna julkaistu meta-analyysi osoittaa riittämätöntä näyttöä käytöstä.
hydrolysoitua proteiinia käytetään myös tietyissä erityisesti valmistetuissa hypoallergeenisissa lemmikkieläinten ruoissa, erityisesti koirille ja pennuille tarkoitetuissa koiranruoissa, jotka kärsivät tiettyjen proteiinityyppien aiheuttamista allergioista tavallisissa kaupallisissa koiranruokabrändeissä. Elintarvikkeiden proteiinipitoisuus on jaettu peptideihin, mikä vähentää eläimen immuunijärjestelmän todennäköisyyttä tunnistaa allerginen uhka. Kissoille tarkoitettuja hydrolysoituja proteiiniruokavalioita suositellaan usein kissoille, joilla on ruoka-aineallergioita ja tietyntyyppisiä ruoansulatusongelmia.