SettingEdit
edeltäjiensä tavoin Jak 3 sijoittuu Naughty Dogin varta vasten pelejä varten luomaan nimeämättömään fiktiiviseen universumiin. Peli sijoittuu vuosi Jak II: n tapahtumien jälkeen. Jak 3 keskittyy suurelta osin Wastelandiin, suureen autiomaahan, johon sarjan aiemmassa versiossa viitattiin vain lyhyesti täysin asumattomana ja Karuna.
spargus City, suuri asutuskeskus merta reunustavalla joutomaalla, on pelin alkukoti, ja se toimii pelaajan keskuksena, jossa voi ansaita uusia aseita ja päivityksiä, ja useimmat tehtävät jaetaan. Myöhemmin tontti siirtyy keskittymään Haven Cityyn, rönsyilevään metropoliin, joka oli Jak II: n keskuspaikka, vaikka alue on vain viidenneksen joutomaan kokoinen. Jotkut tasot edellisestä pelistä on radikaalisti muutettu (Haven Forest, Metropolitan area) tai poistettu kokonaan (kuten basaari Haven Cityssä), kun taas toiset on lisätty (New Haven City), haarautuen Spargusista ja Wastelandista ja Havenista.
Hahmosedit
kuten sitä edeltäneissä peleissä, Jak 3: n kaksi päähenkilöä ovat Jak ja hänen paras ystävänsä Daxter ottsel, joka on fiktiivinen Saukon ja näädän risteytys. Jak paljastuu tässä pelissä Marin syntymänimeksi, joka on nimetty hänen esi-isänsä ja Haven Cityn alkuperäisen perustajan Marin mukaan. Jakin mekaanikkoystävä (ja mahdollinen rakkauden kohde) Keira palaa tässä pelissä. Mukana on myös Ashelin, Haven Cityn kuvernööri, joka oli aiemmin tekemisissä Vapausliiton nykyisen komentajan Tornin kanssa. Daxterin rakastama Tess palaa asesuunnittelijaksi, ja myös jakin mentori Samos tekee esiintymisiä pelin kautta.
tässä esitellään ensin uusi hahmo, Damas. Paljastuu, että Damas ei ainoastaan menettänyt poikaansa, vaan oli Haven Cityn johtaja ennen kuin Paroni Praxis petti hänet ja hänet karkotettiin aavikolle. Enemmän pieniä, mutta palaavat hahmot ovat Sig, vakooja Damas takaisin Haven City, joka myöhemmin tulee uusi kuningas Spargus kun Damas on tapettu, Jinx, entinen jäsen Underground, Vin, jonka aivot nyt sisällä tietokoneen ja Pecker, Onin kääntäjä Jak II tulee neuvonantaja Damas alkuvaiheessa pelin.
harva Jak II: n alkuperäisistä antagonisteista ilmestyy uudelleen tässä pelissä. Uusi toissijainen konna on kreivi Veger, itsekeskeinen Haven Cityn aristokraatti, joka karkottaa jakin joutomaalle pelin alussa. Myöhemmin pelaaja huomaa Vegerin hyökänneen itse palatsiin, koska halusi matkustaa planeetan ytimeen ja saada esiasteiden voimat. Jo hänen yrittäessään tätä, pimeän tekijöinä tunnettu laji alkaa vallata planeettaa pyrkien tuhoamaan sen. Dark Makers ovat Dark Econ turmelemia esiasteita, jotka muistuttavat Prekursor Legacyn antagonisteja.
pääantagonisti on entinen Krimzon-Kaartin komentaja Erol, joka esiteltiin ensimmäisen kerran Jak II: ssa, uudelleennimettynä Cyber-Erroliksi. Hän on kyberneettinen versio itsestään, sillä hän haavoittui pahasti Jak II: ssa törmätessään Eco-tynnyreiden toimitukseen yrittäessään tappaa Jakia. Hieman ennen tämän pelin alkua hän aloittaa uudelleen Krimzon Guard Deathbotien valmistuksen, jonka alkuperäinen tehdas suljettiin edellisen pelin tapahtumien aikana. Errol aloittaa sodan Haven Cityä vastaan yhdessä jäljelle jääneiden Metal Head-hirviöiden kanssa ja myöhemmin liittoutuu Dark Makersin kanssa. Hän saa pelin lopussa massiivisen Dark Makerin maankaltaistavan robotin, jolla hän yrittää tuhota planeetan. Jak tuhoaa Maankaltaistajan edetessään autiomaan läpi kohti Spargusin kaupunkia.
StoryEdit
peli alkaa, kun tyrannimainen kreivi Veger karkottaa Jakin ja Daxterin joutomaalle oletettujen rikosten takia Haven Cityä vastaan. Karkotusta vastustava Ashelin antaa Jakille majakan ennen tämän lähtöä ja käskee tätä ”pysymään hengissä”. Heidän kulkiessaan autiomaan halki takaumat paljastavat, että Haven City on sodassa Freedom Leaguen ja selviytyneiden Metallipäiden ja heidän liittolaistensa KG Death Botin välillä. Tämän jälkeen tuntematon voima tuhoaa palatsin. Jakin, Daxterin ja Peckerin menettäessä tajuntansa heidät pelastaa joukko aavikon asukkaita, jotka vievät heidät takaisin Spargusin kaupunkiin.
heräämässä Sparguksessa kuningas Damas sanoo, että jakin on ansaittava paikkansa sivilisaatiossa todistamalla olevansa soturi sekä areenalla haastaa ja palvelee kaupunkia, jolle hänen ”henkensä nyt kuuluu” pelastamisesta. Hänen tehtävänsä liittyvät toipumassa kansalaisten ja esineitä aikana tai sen jälkeen hiekkamyrskyt, kilpa sekä buggies ja Leaper liskoja päivityksiä, ratkaista palapelit Eco kiteet, kiinni Kanga rotat kun Leaper lisko, ja useita muita hanttihommia oasis city. Tärkein näistä tapahtumista on se, että Jakille annetaan Light Eco-kyky tasapainottaa sisäistä pimeyttä, jonka hänelle Prekursor-temppelissä myöntää oraakkeli, joka uskoo jakin olevan sivilisaation viimeinen toivo. Hänen Valovoimiinsa kuuluu aikaa hidastavia kykyjä, parantavia voimia, kilpikykyjä ja jopa lentämistä. Matkan varrella Jak ystävystyy edeltäjä munkki, näyttävät, ja buginen autotallin omistaja, Kliever-joka aluksi inhoaa häntä, kunnes hän saa heidän luottamuksensa ajan. Erään Damasin retken aikana aavikolle jakin löytää Ashelin, joka paljastaa tienneensä Damasin löytävän hänet, koska tiesi tämän tarkistavan Vanhat majakkansa. Hän kieltäytyy kertomasta, kuinka tuntee Damasin ja anelee Jakia palaamaan Haven Cityyn puolustamaan sitä Metal Headsilta ja uusilta Krimzon-vartijoilta Deathboteilta. Yhä katkeroituneena maanpakolaisuudesta hän kieltäytyy palaamasta. Ashelin jättää hänet, mutta myöhemmin saatuaan selville, mitä pahalla kreivi Vegerillä on varattuna ystävilleen, Jak muuttaa mielensä ja tekee matkan kuljetuksen kautta Haven Cityyn. Jak ja Daxter auttavat yhdistämään Havenin vastarinnan, joka oli jakautunut vihollisten pystyttämien esteiden vuoksi, ja antavat heille toivoa, että he voivat lyödä takaisin metallipäät ja Deathbotit vallatakseen kaupunkinsa takaisin.
kesken pelin Jak ja Daxter alkavat kohdata outoja olentoja. Haven Cityn laitamilla sijaitseva Esiasteteleskooppi paljastaa, että olennot ovat pimeyden tekijöitä, jotka olivat aikoinaan esiasteita, mutta altistuminen pimeälle Ekolle muutti heidät kieroutuneiksi olennoiksi. Jak saa selville, että taivaalla oleva violetti tähti on todellisuudessa Dark Maker-avaruusalus, joka lähestyy planeettaa. Ainoa tapa pysäyttää alus on aktivoida planeetan ytimessä sijaitseva planeetan puolustusjärjestelmä, ja voitettuaan Haven Cityssä olevat metallipäät ja Deathbotit Jak ja Daxter aloittavat vaelluksensa planeetan ytimeen.
Damas liittyy heihin heidän rynnätessään tuhoutuneen kaupunginosan läpi etsien tietä ytimeen. Taistelussa Damas murskautuu kärryn alle ja loukkaantuu kuolettavasti. Viimeisinä hetkinään hän pyytää Jakia etsimään kauan kadoksissa olleen poikansa Marin ja antaa tälle Marin sinetillä varustetun amuletin tunnistaakseen hänet. Muistaen nuoremman itsensä Jak II: n tapahtumista Jak tajuaa Damasin olevan hänen isänsä, mutta Damas kuolee ennen kuin Jak ehtii kertoa hänelle. Veger saapuu ja kertoo Jakille, että se on totta, ja hän vei jakin tämän ollessa pieni poika pois Damasin luota ekovoimiensa vuoksi ennen kuin Praxis karkotti Damasin ja otti haltuunsa Havenin. Veger ryntää sitten ytimeen ja Jak seuraa häntä janoten kostoa.
sinne päästyään he näyttävät lyöneen Vegerin, ja edeltäjä entiteetti kertoo Jakille ansainneensa oikeuden kehittyä yhdeksi heistä. Veger kuitenkin nousee varjoista ja ottaa vallan itselleen. Pian kuitenkin paljastuu, että esiasteet ovat todellisuudessa ottseleita, jotka vain pöyhivät myyttiä vastaamaan ulkonäköään kykyjensä kanssa. Hämmentynyt Vegaani muuttuu ottseliksi, käytännössä rangaistukseksi teoistaan. Esiasteet lähettävät Jakin ja Daxterin Dark Maker-alukselle hidastamaan sitä samalla kun planeetan puolustusjärjestelmä lataa. Tehtävä onnistuu, mutta aluksen hajotessa Kuolonbottien johtajan Errolin komentama jättiläismäinen, hämähäkkijalkainen pimeän tekijän maankaltaistaja pakenee alukselta ja laskeutuu planeetalle. Jak seuraa perässä,ja taistelun jälkeen Errol ja robotti tuhoutuvat.
Takaisin Spargukseen Sig nostetaan valtaistuimelle ja Jak lähtee esiasteiden kanssa katsomaan maailmankaikkeutta. Aluksen noustua ilmaan hän kuitenkin ilmestyy varjoista ja sanoo, ettei olisi mitenkään voinut jättää daxteria taakseen, ei ”kaikkien heidän seikkailujensa ollessa edessä”.