hänet tunnetaan parhaiten hyväntekeväisyystyöstään, kun hänen isänsä perusti Rockefeller-yliopiston (tuolloin vielä nimellä Rockefeller Institute for Medical Research) vuonna 1901 ja Rockefeller-säätiön vuonna 1913, eikä vähiten hänen aloitteestaan. Hän tuki myös siirtomaa-ajan Williamsburgin restaurointia Virginiassa ja lahjoitti Yhdistyneille kansakunnille 8,5 miljoonaa dollaria maan ostamiseksi New Yorkissa sijaitsevaa päämajaansa varten.
ekumeenisen liikkeen vakuuttuneena edustajana hän lahjoitti elämänsä aikana huomattavia summia protestanttisille ja Baptistisille instituutioille, kuten kirkkojen liittoneuvostolle, unionin teologiselle seminaarille, Pyhän Johanneksen katedraalille ja Riversiden kirkolle.
vuonna 1924 Rockefeller hyväksyttiin Académie des Beaux-Artsin ulkomaalaisjäseneksi. Vuodesta 1931 hän oli American Philosophical Societyn jäsen.
hänellä oli vahva kiinnostus luonnonsuojeluun ja hän osti maata useisiin Yhdysvaltain kansallispuistoihin, kuten Grand Tetonin Kansallispuistoon, Acadian Kansallispuistoon, Great Smoky Mountainsin Kansallispuistoon, Yosemiten kansallispuistoon ja Shenandoahin Kansallispuistoon. Vuonna 1972 hän sai postuumisti kunnianosoituksen John D. Rockefeller Jr.Memorial Parkway Grand Tetonin kansallispuiston ja Yellowstonen kansallispuiston välillä nimettiin hänen mukaansa. Myös Rockefellerin vuoristo ja Rockefellerin ylänkö Etelämantereella kantavat hänen nimeään.