elämän ja uran alkuaikoina
San Martínin isä Juan de San Martín, espanjalainen ammattisotilas, toimi yapeyún hallintovirkamiehenä, joka oli aiemmin jesuiittojen lähetysasema Guaranín intiaaniterritoriossa Argentiinan pohjoisrajalla. Myös hänen äitinsä Gregoria Matorras oli espanjalainen. Perhe palasi Espanjaan Josén ollessa kuusivuotias. Vuosina 1785-1789 hän opiskeli Aatelisseminaarissa Madridissa ja lähti sieltä aloittaakseen sotilasuransa kadettina Murcian jalkaväkirykmentissä. Seuraavat 20 vuotta hän oli Espanjan monarkin uskollinen upseeri, joka taisteli maureja vastaan Oranissa (1791), brittejä vastaan (1798), jotka pitivät häntä vankina yli vuoden, ja portugalilaisia vastaan appelsiinien sodassa (1801). Kapteeniksi hänet ylennettiin 1804.
käännekohta San Martínin uralla tuli vuonna 1808 Napoleonin miehitettyä Espanjan ja sitä seuranneen isänmaallisen kansannousun sikäläisiä ranskalaisia vastaan. Hän palveli kahden vuoden ajan Sevillan (Sevillan) junttaa, joka johti sotaa vangitun Espanjan kuninkaan Ferdinand VII: n puolesta. Hänet ylennettiin everstiluutnantiksi käytöksestään Bailénin taistelussa (1808) ja ylennettiin Sagunton rakuunoiden komentajaksi Albueran taistelun jälkeen (1811). Hän ei ryhtynyt uuteen virkaansa, vaan pyysi lupaa mennä Perun varakuningaskunnan pääkaupunkiin Limaan, mutta matkusti Lontoon kautta Buenos Airesiin, josta oli tullut Etelä-Amerikan tärkein vastarinnan keskus Sevillan juntalle ja sen seuraajalle Cádizissa toimivalle Regency Councilille. Siellä San Martín sai vuonna 1812 tehtäväkseen järjestää krenatöörijoukot Peruun keskittyneitä espanjalaisia rojalisteja vastaan, jotka uhkasivat Argentiinan vallankumoushallitusta.
yksi mahdollinen selitys tälle Espanjalle uskollisuutta vannoneen sotilaan hätkähdyttävälle uskollisuudenvaihdokselle on se, että sen takana olivat Espanjan Amerikan itsenäisyysliikettä kannattaneet britit ja että San Martín värvättiin Espanjassa taistelleen Fifen neljännen jaarlin James Duffin agentuurin kautta (ja San Martínista tehtiin Banffin vapaaherra Skotlannissa). Myöhempinä vuosina San Martín kertoi uhranneensa uransa Espanjassa, koska oli vastannut synnyinmaansa kutsuun, ja tämä on argentiinalaisten historioitsijoiden näkemys. Epäilemättä, niemimaalla Espanjan ennakkoluulot ketään syntynyt Intiassa on rankled koko uransa Espanjassa ja sai hänet samaistua kreoli vallankumoukselliset.
Buenos Airesin hallituksen palveluksessa San Martín kunnostautui sotilaiden kouluttajana ja johtajana, ja voitettuaan Lojalistijoukkoja vastaan käydyn kahakan San Lorenzossa Paranájoen oikealla rannalla (3.helmikuuta 1813) hänet lähetettiin Tucumániin vahvistamaan ja lopulta syrjäyttämään kenraali Manuel Belgrano, jota Perun varakuninkaan joukot painostivat ankarasti. San Martín ymmärsi, että Río de la Platan provinssit eivät koskaan olisi turvassa niin kauan kuin rojalistit pitäisivät liman hallussaan, mutta hän ymmärsi sotilaallisen mahdottomuuden päästä varakuningaskunnan vallan keskukseen tavanomaista ylitysreittiä pitkin ylä-Perun (nykyisen Bolivian) kautta. Siksi hän valmisti vaivihkaa mestariiskun, joka oli hänen suurin panoksensa eteläisen Etelä-Amerikan vapauttamiseksi. Ensin hän kuritti ja koulutti Tucumánin ympärillä ollutta armeijaa niin, että Gaucho-sissien avustuksella nämä kykenisivät pidätysoperaatioon. Sitten hän sai huonon terveytensä varjolla nimityksen maaherraksi Cuyon provinssiin, jonka pääkaupunki oli Mendoza, joka oli avain Andien poikki kulkeviin reitteihin. Siellä hän ryhtyi luomaan armeijaa, joka liittoutuisi Maitse Chilen isänmaallisen hallituksen sotilaiden kanssa ja etenisi sitten meriteitse hyökkäämään Peruun.