Jackson aloitti näyttelemisen pienessä roolissa elokuvassa Crooked Hearts vuonna 1991. Seuraavana vuonna hän näytteli Charlien roolin musikaaliversiossa Willie Wonka and The Chocolate Factory. Tässä vaiheessa hän siirtyi näytelmän roolittajan Laura Kennedyn avustuksella William Morris Agencyn palvelukseen. Pian sen jälkeen, hän laskeutui rooli Charlie (#96) Mighty Ducks-sarja, pelaa nuori ja pyrkivä jääkiekkoilija.
Joshua Jackson esiintyi Pacey Witterinä Kevin Williamsonin luomassa Dawson ’ s Creekissä, joka pyöri WB-kanavalla vuosina 1998-2003 ja näytteli myös James Van Der Beekiä, Michelle Williamsia ja Katie Holmesia. Vaikka show oli tauolla, hän esiintyi useissa elokuvissa, kuten Julmia aikeita (New Yorkin juppi Mukauttaminen Les Liaisons dangereuses että näytteli myös Sarah Michelle Gellar ja Ryan Phillippe), kallot, turvallisuus esineitä, Laramie Project ja lyhyt cameo remake Ocean ’ s Eleven, jossa hän esiintyy itsensä pokeri kohtaus Brad Pitt, George Clooney ja Holly Marie Combs, muun muassa. Tässä 2000, hän myös vieras-näytteli kausi 12 Simpsonit, julki merkki Jesse Grass, ” hunky ympäristönsuojelija ”ja rakkautta Lisa Simpson jaksossa”Lisa Puunhalaaja”. Hänet valittiin myös” Beaun ” rooliin Gossip-elokuvaan vuonna 2000 näyttelijöiden James Marsdenin, Kate Hudsonin ja Norman Reedusin kanssa.
pian Dawson ’ s Creekin päättymisen jälkeen vuonna 2003 Jackson näytteli pääroolin elokuvissa Dennis Hopperin (Americano), Harvey Keitelin (Shadows In The Sun) ja Donald Sutherlandin (Aurora Borealis) rinnalla. Tässä 2005, Jackson muutti Iso-Britannia ja teki lavadebyyttinsä Lontoon West End Patrick Stewart David Mamet kahden miehen pelata, elämä teatterissa. Näytelmä oli kriittinen ja suosittu menestys, ja se kesti helmikuusta huhtikuuhun samana vuonna. Jackson sanoi harkitsevansa paluuta lavoille, kokeillakseen kättään Broadwaylla. Hänen seuraava elokuva rooli oli Bobby, ohjannut Emilio Estevez, Jackson vastanäyttelijä Mighty Ducks. Hän oli päärooli Shutter, Yhdysvaltain remake Thaimaan kauhuelokuva on sama nimi. Hän näytteli ja toimi vastaavana tuottajana Kanadan independent elokuva yksi viikko, joka avattiin maaliskuussa 6, 2009.
vuosina 2008-2013 Jackson näytteli Peter Bishopin pääroolia JJ Abramsin, Roberto Orcin ja Alex Kurtzmanin luomassa scifisarjassa Fringe. Sarjaa esitettiin Fox TV-kanavalla ja se oli kauden 2008-2009 toiseksi katsotuin uusi ohjelma CBS: n The mentalistin jälkeen. BuddyTV sijoitti hänet #9 ”TV: n 100 seksikkäintä Miestä 2010” – listallaan, #19 vuonna 2011 ja #14 Vuonna 2012.
Jackson oli ehdolla Genie-palkinnon saajaksi parhaasta naispääosan esittäjän roolisuorituksesta elokuvassa yhden viikon. Hän voitti palkinnon 12. huhtikuuta 2010. Hän piti ja isännöi satiirinen Pacey-Con 2010, suoraan kadun toisella puolella San Diego Comic-Con, urheilu Keilailu paita ja antaa ulos fan fiction, kirjoittanut Dawson Creek fanit, niille, jotka odottavat Comic-Con sisäänkäynti linja. Tapahtumasta tallennettiin kuvamateriaalia ”Pacey-Con” – nimiselle videolle, jota hän oli kuvaamassa Will Ferrellin Funny or Die-julkkishuumorisivustolle. Vuonna 2013 Jackson esiintyi IFC-elokuvassa Inescapable Marisa Tomein ja Alexander Siddigin kanssa. Jackson kirjoitti ensimmäisen tarinan sarjakuvatrilogiasta Beyond the Fringe, nimeltään ”Peter and the Machine”. Jackson näytteli menestyksekästä Showtime-televisio-ohjelmaa, The Affairia, jossa hän esitti Cole Lockhartia, uskottoman Alison Lockhartin päähenkilön aviomiestä.
maaliskuussa 2018 Jackson teki teatteridebyyttinsä Broadwaylla, Children of a Lesser God, jossa hän näytteli James Leedsiä, kuurojen koulun epätavanomaista opettajaa, joka joutuu ristiriitaiseen ammatilliseen ja romanttiseen suhteeseen entisen kuuron oppilaan Sarah Normanin (Lauren Ridloff) kanssa. Näytelmä kesti toukokuuhun 2018 asti.
vuonna 2019 Jackson näytteli puolustusasianajaja Mickey Josephia Netflixin draamaminisarjassa When They See Us.
vuonna 2020 Jackson näytteli yhdessä Reese Witherspoonin ja Kerry Washingtonin kanssa Hulun minisarjassa Little Fires Everywhere, joka perustuu Celeste Ngin romaaniin.
Jackson on valettu nimirooliin elokuvassa Tohtori kuolema, joka perustuu samannimiseen podcastiin.