Rutherford meni naimisiin venezuelalaisen pankkiirin Carlos Tarajanon kanssa kesäkuussa 2001. Rutherford haki avioeroa tammikuussa 2002 kuuden kuukauden avioliiton jälkeen. Häät esiteltiin pian sen jälkeen InStyle-lehden helmikuun 2002 numerossa.
Rutherford avioitui toisen aviomiehensä, saksalaisen liikemiehen Daniel Gierschin kanssa elokuussa 2006. Hän synnytti heidän ensimmäisen lapsensa, pojan Hermés Gustaf Daniel Gierschin, lokakuussa 2006.
odottaessaan toista lastaan Rutherford haki eroa Gierschistä 30.joulukuuta 2008. Rutherford ja Giersch ajautuivat sittemmin huoltajuuskiistaan pojastaan ja syntymättömästä lapsestaan. Rutherford synnytti heidän toisen lapsensa, tyttären Helenan, kesäkuussa 2009.
elokuussa 2009 Rutherford ja Giersch pääsivät väliaikaiseen sopimukseen yhteisestä fyysisestä huoltajuudesta, joka oli voimassa huhtikuuhun 2010 saakka. Rutherford hankki hänelle myös väliaikaisen lähestymiskiellon seuraavassa kuussa.
Gierschin U. S. visa peruttiin huhtikuussa 2012 Rutherfordin asianajajan kerrottua ulkoministeriölle Gierschin liiketoimiin liittyvistä asioista, minkä vuoksi ministeriö päätteli, että heillä oli riittävät todisteet hänen karkottamiseensa.
on kerrottu, että syytöksissä oli kyse petoksesta tai osallisuudesta huume-ja asekauppaan Etelä-Amerikassa, jota pidetään Victory Act-lain mukaisena terrorismina. Giersch ei näin ollen päässyt Yhdysvaltoihin ja asettui asumaan Ranskaan ja Monacoon. Toukokuussa 2012 Rutherfordin ja Gierschin lapset lähtivät Ranskaan viettämään kesää isänsä luona. Rutherford pyysi tuomioistuinta myöntämään hänelle yksinhuoltajuuden, jotta hän voisi pitää lapset ensisijaisesti Yhdysvalloissa heidän Ranskan-vierailunsa jälkeen, koska voimassa oleva yhteishuoltajuussopimus velvoitti häntä matkustamaan usein, jotta Giersch voisi viettää aikaa lasten kanssa.
elokuussa 2012 Kalifornian ylioikeuden tuomari päätti laajasti uutisoidussa päätöksessään, että 50/50-huoltajuusjärjestely tulisi säilyttää ja että koska Giersch ei voi matkustaa Yhdysvaltoihin, lasten tulisi asua Ranskassa hänen kanssaan ja käydä koulua siellä Rutherfordin matkustaessa sinne heidän luokseen. Vaikka Rutherford vastusti päätöstä ja pyysi asian käsittelyn lykkäämistä valitusajankohtana, hänen pyyntönsä evättiin ja päätettiin, että kahden vuoden kuluttua hänen oikeutensa päästä Yhdysvaltoihin ja siitä johtuva lasten hyvinvointi arvioidaan uudelleen.
kesäkuussa 2013 Rutherford hakeutui konkurssiin todeten, että hänellä oli noin 2 miljoonan dollarin velat, jotka johtuivat pääasiassa 1,5 miljoonan dollarin kuluista, jotka hän käytti avioero-ja huoltajuuskiistaan Gierschin kanssa.
toukokuussa 2015 Rutherford sai lastensa väliaikaisen yksinhuoltajuuden sen jälkeen, kun sekä Hänen Poikansa että tyttärensä oli oikeuden mukaan tuotava takaisin Yhdysvaltoihin Monacosta, jossa he olivat asuneet isänsä kanssa vuodesta 2012. 23. heinäkuuta 2015 Kalifornialainen tuomari päätti, ettei Kalifornialla ole toimivaltaa Rutherfordin lapsen huoltajuusasiassa, koska hän asuu New Yorkissa ja hänen entinen miehensä sai jälleen huoltajuuden.
Rutherford nosti tämän jälkeen oikeusjutun New Yorkissa, mutta 27.heinäkuuta 2015 newyorkilainen oikeusistuin päätti, ettei sillä myöskään ole toimivaltaa.
joulukuussa 2015 Monacon oikeusistuimet vahvistivat jälleen, että täysi huoltajuus säilyi lasten isällä, Rutherfordille myönnettiin laajat tapaamisoikeudet Ranskassa ja Monacossa sekä yhteinen kannanotto liittyen ”terveyteen, koulunkäyntiin, uskonnolliseen koulutukseen ja asuinpaikan vaihtamiseen”.