kryptogrammeissa käytettyjä salakirjoituksia ei alun perin luotu viihdetarkoituksiin, vaan sotilaallisten tai henkilökohtaisten salaisuuksien todelliseen salaukseen.
Kryptogrammin ensimmäinen käyttö viihdetarkoituksiin tapahtui keskiajalla munkeilla, joilla oli vapaa-aikaa älyllisille leikeille. Bambergista löydetyssä käsikirjoituksessa todetaan, että Walesin Gwyneddin kuninkaan Merfyn Frych ap gwriadin (kuoli 844) hovissa vierailleille irlantilaisille annettiin kryptogrammi, joka voitiin ratkaista vain siirtämällä kirjaimet latinasta Kreikkaan. Noin kolmastoista vuosisata, englantilainen munkki Roger Bacon kirjoitti kirjan, jossa hän luetteli seitsemän salakirjoitusmenetelmää, ja totesi, että ” mies on hullu, joka kirjoittaa salaisuuden millään muulla tavalla kuin sellaisella, joka kätkee sen vulgaarilta.”1800-luvulla Edgar Allan Poe auttoi kryptogrammien popularisoinnissa monilla Sanoma-ja aikakauslehtiartikkeleilla.
tunnettuja esimerkkejä nykykulttuurin kryptogrammeista ovat syndikoidut sanomalehtipaperit Cryptoquip ja Cryptoquote, jotka ovat peräisin King Featuresista.
julkisessa haasteessa kirjailija J. M. Appel ilmoitti 28. syyskuuta 2014, että hänen novellikokoelmansa Sisällysluettelo, Scouting for the Reaper, kaksinkertaistui myös kryptogrammina, ja hän lupasi palkinnon ensimmäiselle sen ratkaisijalle.