N: ssä pelaaja ohjaa ninjaa, joka navigoi laattapohjaisilla tasoilla samalla vältellen vaaroja, keräten kultaa ja lopulta avatessaan uloskäynnin, joka täydentää tason. Pelattavuus sisältää neljä näppäintä-siirrä vasemmalle avain (oletuksena vasen nuoli), Siirrä oikealle avain (oletus oikea nuoli), hyppy (oletus vaihto-avain, vaikka z-avain on yleinen vaihtoehto), ja itsemurha (oletus k-avain). Erilaisten maastojen liikkumisen ja hyppäämisen yhdistelmät mahdollistavat ninjan erilaisten liikkeiden suorittamisen, kuten hyppäämisen seinästä seinään, kiipeämisen ylös pystysuoria kaltevuuksia ja liukumisen alas jyrkkiä pintoja.
n versio 1.4 sisältää 100 jaksoa (numeroitu 00-99), kun taas versio 2.0 sisältää 120 jaksoa (johtuen siitä, että kaksi bonussaraketta on avattavissa pelin pääjaksojen päätyttyä). Jokaisessa episodissa kaikissa pelin iteraatioissa on viisi tasoa (numeroitu 0-4). N tukee myös käyttäjän tekemiä tasoja. Tämä tapahtuu sisäänrakennetun tason editorin kautta, jota kutsutaan Nediksi eli”N editoriksi”. Tasoja voi lisätä peliin muokkaamalla pelin mukana tulevaa tekstitiedostoa, joka sisältää käyttäjätason tietoja.
n 1.4: ssä on yhteensä 500 karttaa, joista 450 on Metanet Softwaren tekemiä; 2.0 sisältää 600 tasoa, joista 500 Metanet Softwaren tekemiä. Loput 50 tasoa 1.4: ssä ovat edellä mainittuja käyttäjätasoja, jotka metanet valitsi käsin vuonna 2005, kun taas loput 100 tasoa 2.0: ssa olivat käyttäjien tekemiä tasoja, jotka fanipaneeli valitsi loppuvuodesta 2012 ja metanet Software viimeisteli vuonna 2013. (The team behind the shortlist selection were listed in the game ’ s credit under their respective aliaksensa.) Jokaisen tason tavoitteena on laukaista kytkin ja poistua sen avaamasta ovesta määräajassa. Joillakin tasoilla on enemmän kuin yksi uloskäynti ja siihen liittyvä kytkin, mikä antaa pelaajalle enemmän vapautta päättää reitistään ja menetelmästään kartan täyttämiseksi. Jokaiselle jaksolle annetaan kumulatiivinen aikaraja. Tason 0 alussa pelaajalle annetaan 90 sekuntia aikaa suorittaa seuraavat viisi tasoa. Jakson aikarajaa voi nostaa keräämällä kultaa, jolloin kappaleeseen lisätään kaksi sekuntia. Kunkin tason lopussa jäljellä oleva aika siirtyy seuraavalle tasolle. Ainoa poikkeus on finaalitaso, jossa jäljellä olevasta ajasta tulee kyseisen jakson pisteet.