Tokugawan poliittinen järjestelmä oli ehkä monimutkaisin koskaan kehitetty feodaalijärjestelmä. Se oli samanlainen kuin Euroopan feodaalijärjestelmä (paavi, keisari tai kuningas, feodaaliset paronit ja palvelijat Euroopassa verrattuna keisariin, Shoguniin, Daimioon ja samuraihin Japanissa), mutta se oli myös hyvin byrokraattinen, ominaisuus, joka ei liittynyt eurooppalaiseen feodalismiin.
tätä poliittista järjestelmää kutsuttiin bakuhanin järjestelmäksi. Baku tulee bakufusta, joka oli hallitus jota Tokugawa-johtajat käyttivät hoitaakseen yksityisasioitaan Oman läänityksensä sisällä. Han tarkoittaa domainia ja viittaa yli 250 verkkotunnukseen, jotka olivat olemassa koko Edo-kaudella. Näin bakuhan viittaa Tokugawan hallituksen rinnakkaiseloon erillisten, itsenäisten hallitusten kanssa kussakin läänissä. Koska jokainen daimio oli shōgunin palvelija, bakufulla eli shōgunaatilla oli jonkin verran valtaa koko Japanissa. Tämä ei ollut liittovaltiojärjestelmä eikä edes poliittisten vallanpitäjien keskitetty hierarkia; se oli pikemminkin järjestelmä, jossa oli kaksi hallintotasoa, joilla oli suuri riippumattomuus.
Tokugawa-shōgunaatti oli hyvin pitkälti kuin mikä tahansa domainaalinen hallitus siinä mielessä, että se vastasi ensin rajatun alueen, Tokugawa-suvun läänityksen hallinnasta. Näin ollen se huolehti samurai-luokan valvonnasta, verojen keräämisestä (pääasiassa maataloudesta), siviilijärjestyksen ylläpitämisestä, läänityksen puolustamisesta, kaupunkien valvonnasta, läänityksen vaatiman kaupan ja teollisuuden edistämisestä, ei-toivottujen kauppatapojen rajoittamisesta ja niin edelleen. Useimmilla aloilla hallinnon laajuus oli samanlainen. Edo-kauden kuluessa useimmat verkkotunnukset kopioivat shōgunaatin järjestelmän.
Tokugawa-shōgunaatilla oli myös velvollisuuksia ja huolenaiheita, jotka ulottuivat tavallisiin aloihin verrattuna; Tokugawa-shogunit olivat loppujen lopuksi hegemoneja, jotka johtivat kokonaista maata.
Tokugawan hallitus käsitteli yksin keisarillista hovia, keisarillista aatelistoa ja itse keisaria. Keisari oli legitimiteetin lähde, sillä shogunin virka oli keisarillinen nimitys. Lisäksi Kungfutselaisuus, joka oli Tokugawa-suvun virallinen ideologia Edo-kaudella, kiinnitti huomion keisariin. Näin Tokugawa-shōgunaatti loi yksinoikeuden keisarilliseen hoviin. Kauden kuluessa monopolia rikottiin, mutta on pohjimmiltaan totta, että Tokugawa valvoi ja manipuloi hovia omiin tarkoituksiinsa.
shōgunaatilla oli lähes monopoli ulkomaankaupassa ja ulkoasioissa. Kauppamonopoli oli tärkeä, koska pelkästään Tokugawat saivat merkittäviä voittoja. Ulkomaankauppa sallittiin myös Satsuma domainin kautta Ryukyu-kuningaskuntaan (Okinawa) ja Tsushima domainin kautta Koreaan, mutta yleisesti ottaen diplomaattiset asiat olivat tarkasti Tokugawojen hallinnassa.
Ulkosuhteet olivat ratkaisevia, koska niiden valvonta antoi poliittiselle yleisölle lausunnon siitä, että Tokugawa-talo hallitsi kaikkia hallinnon osa-alueita; se oli lisä legitimiteetin lähde. Tämän mukaisesti Tokugawa-shōgunaatti rajoitti diplomaattista yhteydenpitoa kieltämällä kaikkia eurooppalaisia hollantilaisia lukuun ottamatta tulemasta Japaniin vuoden 1639 jälkeen; tämä oli kansallisen eristäytymisen politiikkaa (sakoku). Mutta jopa eristäytyminen oli vallankäyttöä, joka teki vaikutuksen tarkkailijoihin ja kannusti alistumaan.
shōgunaatin ehkä tärkein tehtävä oli valta-alueiden, hanien, hallinta. Juuri tämä oli puuttunut sotivien valtioiden aikana, keskusvallan kyky saattaa rauha voimaan. Edo-kautta edeltäneiden neljänkymmenen vuoden aikana kolme yhdistäjää, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi ja Tokugawa Ieyasu, kehittivät järjestelmän, joka osoittautui yhä kyvykkäämmäksi varmistamaan vasallien uskollisuuden ja tottelevaisuuden. Tokugawa-shōgunaatti otti tämän aikaisemman kokemuksen ja hioi sen täydelliseksi.
järjestelmän elementteihin kuului poliisi-ja vakoiluverkosto, joka raportoi samurain tai daimyon epäilyttävästä toiminnasta. Daimyoja vaadittiin ilmoittamaan kaikista domainien välisistä avioliittoehdotuksista shōgunaatin hyväksyttäväksi. Yhteydenpito verkkotunnusten välillä kiellettiin shōgunaatin vastaisen juonittelun mahdollisuuksien vähentämiseksi. Linnojen lukumäärä, koko ja vahvuus olivat hyvin tiukasti rajattuja.
shōgunaatti saattoi rangaista daimyoa rikkomuksista monin eri tavoin; verkkotunnuksen kokoa voitaisiin pienentää, daimyo voitaisiin siirtää kokonaan toiselle alueelle, tai lopullisena sanktiona voitaisiin vaatia itsemurhaa, ehkä siten, että hänen sukujuurensa lisärangaistus alennettaisiin ei-daimyolle tasolle.
Hanin hallintajärjestelmän tärkein osa oli sankin-kotain järjestelmä eli Edossa sijainneen vaihtoehtoisen asuinpaikan järjestelmä. Tämä sai alkunsa sotaa käyvien valtioiden ajan käytännöstä vaatia korkea-arvoisia panttivankeja vasalleilta tai liittolaisilta hyvän käytöksen takaamiseksi. Shōgunaatin perustaja Tokugawa Ieyasu oli itsekin nuorena lähes 13 vuotta panttivankina.
Tokugawat kuitenkin virallistivat panttivankien pitämisen. He vahvistivat säännöt, joissa jokaiselle daimiolle määriteltiin vuosittain (tai kaksi tai kolme) ajanjakso, jonka aikana daimion on asuttava Edossa. Daimyon perhe joutuisi asumaan Edossa, kun daimyo palaisi valtakuntaansa, niin että toinen olisi toisen panttivankina.
tämä ei ainoastaan tarjonnut panttivankeja, vaan se asetti myös taloudellisen taakan daimiolle, joka kulutti pois resursseja, jotka muuten olisivat saattaneet mennä sotilaallisiin valmisteluihin shōgunaattia vastaan. Daimioiden oli ylläpidettävä suurta asuin-ja tukitilaa sekä Edossa että heidän hallintoalueellaan. He joutuivat myös matkustamaan Edoon ja takaisin shōgunaatin sanelemaa reittiä pitkin. Useimmat matkustivat Tokaidolla, koska Nakasendo oli keisarillisen hovin käytössä, mutta yleinen taakka jakautui kahden tien välille. Koko järjestelmä kulutti noin 25 prosenttia useimpien daimioiden käytettävissä olevista tuloista.
shōgunaatti oli kuitenkin vain yksi osa bakuhanin järjestelmää; verkkotunnukset olivat toiset. Alueet olivat itsenäisiä sisäisten järjestelyjensä suhteen niin kauan kuin ne eivät olleet ristiriidassa shōgunaatin etujen kanssa. Käytännössä valta-alueet monistivat vapaaehtoisesti pitkälti shōgunaatin hallintojärjestelmän, koska hänen tasonsa daimion edut ja ongelmat olivat samanlaisia kuin shōgunaatin: miten säilyttää vakaus ja järjestys. Lisäksi valta, jota shōgunate käytti yli verkkotunnuksia oli vaikutus pakottaa alueet käyttäytymään paljon samalla tavalla, koska ne olivat edessään samat vaatimukset.
esimerkiksi kaikki merkittävät toimialat ylläpitivät kaupallista toimintaa Osakassa, kansallisilla markkinoilla, voidakseen myydä riisiä ja muita hyödykkeitä saadakseen rahaa, jota vaihtoehtoinen läsnäolojärjestelmä vaatii. Tämä standardointi vähensi suuresti alueellisia eroja ja mahdollisia vastakkainasetteluja koko Edo-kauden ajan.
shōgunaatin tavoin daimioilla oli suuri kiinnostus alamaistensa ja samurain kenraalin rauhoittamiseen ja hallitsemiseen. 1500-luvun lopulla Toyotomi Hideyoshi riisui talonpojat aseista miekanjahdeilla tarkoituksenaan vähentää heidän osuuttaan sekasortoon ja kiinnittää heidät pelkkään maataloustoimintaan. Vuoden 1588 jälkeisinä vuosina samurait poistettiin asteittain itsenäisistä läänityksistään maaseudulla ja tuotiin daimioiden linnakaupunkeihin asumaan. Samurait erkaantuivat talonpoikaissuvusta sekä yhteiskunnalliselta rooliltaan että asuinpaikaltaan.