yliopiston perusti nimellä San Jose Bible College Vuonna 1939 San Joseen koulun ensimmäinen presidentti William Jessup. Eugene Claremont Sanderson oli alun perin aloittanut Evangel Bible University-nimisen koulun San Josessa vuonna 1934, mutta ei kyennyt tekemään siitä elinkelpoista. Tämän seurauksena hän värväsi William Jessupin, yhden entisistä oppilaistaan, tilalleen. Vuoteen 1951 mennessä, koulun laajentuessa ja San Josén valtionyliopiston tunkeutuessa kadun toiselle puolelle, San Jose Bible College muutti alueelle, jota reunustivat Coyote Creek, 12th Street ja lähes 30 vuotta myöhemmin I-280. Espanjalaistyyliset luokkahuonerakennukset ja useat asuntolarakennukset muodostivat pienen kampuksen.
William Jessup jäi eläkkeelle vuonna 1960 ja häntä seurasi Alvan L. Tiffin. Myöhemmin presidenttinä toimi Woodrow Phillips, alumni, vuosina 1968-1979 ja Chuck Boatman vuosina 1979-1984. Toht. Pepperdinen yliopiston Alumni ja alkuperäisen presidentin poika Bryce Jessup toimi presidenttinä vuosina 1984-2010, jolloin hän jäi eläkkeelle. John Jackson valittiin kuudenneksi presidentiksi maaliskuussa 2011.
vuonna 1989 koulun nimi muutettiin San Jose Christian Collegeksi ja WASC valtasi sen alueellisesti vuonna 2002. Koska hallinto ei löytänyt uutta sijoituspaikkaa Santa Claran laaksosta, päätettiin huhtikuussa 2003 muuttaa Sacramenton metropolikaupunkiin Rockliniin. College virallisesti muutti sen San Jose kampus kesäkuussa 2004. Tällä hetkellä college nimettiin William Jessup University. Konttori kampus on säilynyt San Jose, joka palvelee ensisijaisesti ei-perinteinen ja jatko-opiskelijoille.
nykyinen paikka oli aiemmin Herman Millerin huonekalutehdas, ja monet rakennuksista olivat Frank Gehryn suunnittelemia.