Les chiffrements utilisés dans les cryptogrammes n’ont pas été créés à l’origine à des fins de divertissement, mais pour un cryptage réel de secrets militaires ou personnels.
La première utilisation du cryptogramme à des fins de divertissement a eu lieu au Moyen Âge par des moines qui avaient du temps libre pour des jeux intellectuels. Un manuscrit trouvé à Bamberg indique que les visiteurs irlandais de la cour de Merfyn Frych ap Gwriad (mort en 844), roi de Gwynedd au Pays de Galles ont reçu un cryptogramme qui ne pouvait être résolu qu’en transposant les lettres du latin en grec. Vers le XIIIe siècle, le moine anglais Roger Bacon a écrit un livre dans lequel il énumérait sept méthodes de chiffrement, et a déclaré qu ‘ » un homme est fou qui écrit un secret d’une autre manière que celle qui le dissimulera au vulgaire. »Au 19ème siècle, Edgar Allan Poe a contribué à populariser les cryptogrammes avec de nombreux articles de journaux et de magazines.
Des exemples bien connus de cryptogrammes dans la culture contemporaine sont les puzzles de journaux syndiqués Cryptoquip et Cryptoquote, de King Features.
Dans un défi public, l’écrivain J.M. Appel a annoncé le 28 septembre 2014 que la page de la table des matières de son recueil de nouvelles, Scouting for the Reaper, servait également de cryptogramme, et il a promis un prix pour le premier à le résoudre.