L’origine du mot est incertaine, mais une origine galloise a été suggérée car un tissu similaire à la flanelle remonte au Pays de Galles, où il était bien connu dès le 16ème siècle. Le terme français flanelle a été utilisé à la fin du 17ème siècle, et le Flanelle allemand a été utilisé au début du 18ème siècle.
La flanelle est fabriquée depuis le 17ème siècle, remplaçant progressivement les anciennes plaines galloises, dont certaines étaient finies en « cotons » ou frises, qui était le produit textile local. Au 19ème siècle, la flanelle était fabriquée en particulier dans des villes telles que Newtown, Montgomeryshire, Hay on Wye et Llanidloes. L’expansion de sa production est étroitement liée à l’expansion des carderies, qui préparaient la laine pour la filature, ce qui est le premier aspect de la production de tissus de laine à être mécanisé (en dehors du foulage). La commercialisation de ces vêtements en laine galloise était en grande partie contrôlée par la Drapers Company de Shrewsbury.
À une époque, les flanelles galloises, Yorkshire, Lancashire et Irlandaises différaient légèrement en raison de la qualité de la laine brute utilisée dans les différentes localités, certaines étant plus douces et plus fines que d’autres. Alors que de nos jours, la couleur de la flanelle est déterminée par des colorants, à l’origine, cela a été obtenu en mélangeant des laines blanches, bleues, brunes et noires dans des proportions variables. Des nuances plus claires ont été obtenues en blanchissant avec du dioxyde de soufre.
À l’origine, il était fait de laine fine et courte, mais au 20ème siècle, les mélanges de soie et de coton étaient devenus courants. C’est à cette époque que le pantalon en flanelle est devenu populaire dans les sports, en particulier le cricket, dans lequel il a été largement utilisé jusqu’à la fin des années 1970.
L’utilisation des chemises à carreaux en flanelle a atteint son apogée dans les années 1990 avec des groupes populaires de grunge comme Nirvana et Pearl Jam les utilisant comme l’une des marques de leur look hirsute. Cependant, peu de chemises à carreaux produites en série disponibles à l’époque étaient en fait en flanelle. L’association entre la flanelle et le plaid a conduit à l’utilisation de la flanelle comme synonyme de plaid.