La Florida High School Athletic Association a été fondée le 9 avril 1920 par un groupe de 29 directeurs de lycée qui se sont réunis sur le campus de l’Université de Floride à Gainesville. L’organisation a été fondée sous le nom de Florida High School Athletic Association. Le nom a été changé en Florida High School Activities Association en 1951. Le nom a été changé en Florida High School Athletic Association en 2002.
Les 29 écoles qui sont devenues membres fondateurs étaient: Summerlin (Bartow), Clearwater, Continent (Daytona Beach), Seabreeze (Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Suwannee (Live Oak), Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Quincy, Seminole (Sanford), Ketterlinus (St. Augustine), Saint-Pétersbourg, Leon (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee (Wauchula), West Palm Beach et Winter Haven.
La première Constitution limitait l’adhésion aux écoles publiques. Cependant, en 1930, il a été modifié pour ouvrir également l’adhésion aux écoles privées et paroissiales.
En 1951, les écoles membres ont voté pour changer le mot « sportif » en « activités » dans le nom de l’organisation afin que les activités non sportives telles que la musique et les programmes du conseil des étudiants reçoivent également une supervision appropriée au niveau de l’État.
L’Association a été constituée en 1962. Alors que la charte de l’association n’avait jamais spécifiquement exclu la participation des étudiants non blancs, aucun n’a réellement participé jusqu’en 1967, lorsque le lycée entièrement noir Gibbs a non seulement participé au basket-ball, mais a remporté le championnat de l’État. En 1968, la FIAA est dissoute. La FHSAA n’a jamais intégré de manière exhaustive les réalisations des lycées noirs dans leurs livres de records.
En 1996, la FHSAA a adopté un règlement permettant aux étudiants inscrits à des programmes d’enseignement à domicile de participer à des activités interscolaires. Le règlement permettrait plus tard au futur quarterback du Trophée Heisman, Tim Tebow, de participer au football au lycée; des règles similaires adoptées plus tard par d’autres États seraient ainsi appelées la « règle Tebow ».
En mai 1997, la Législature de Floride a reconnu la FHSAA comme l’organe directeur de l’athlétisme interscolaire en Floride, à condition que l’Association se conforme aux dispositions d’une refonte législative de sa structure gouvernementale.
Le nom a été changé en Florida High School Athletic Association en 2002. En août 2007, la FHSAA comptait 748 écoles membres.
En 2017, l’association a adopté une méthode de classement par points des équipes de football pour les séries éliminatoires du championnat d’État. Les points sont attribués sur la base des victoires et des défaites, des records des adversaires et des records des séries éliminatoires passés.