Rutherford a épousé le banquier vénézuélien Carlos Tarajano en juin 2001. Rutherford a demandé le divorce en janvier 2002, après six mois de mariage. Le mariage a été présenté peu de temps après dans le numéro de février 2002 du magazine InStyle.
Rutherford a épousé son deuxième mari, l’homme d’affaires allemand Daniel Giersch, en août 2006. Elle a donné naissance à leur premier enfant, son fils Hermés Gustaf Daniel Giersch, en octobre 2006.
Enceinte de leur deuxième enfant, Rutherford demande le divorce de Giersch le 30 décembre 2008. Rutherford et Giersch ont ensuite été impliqués dans un différend sur la garde de leur fils et de leur enfant à naître. Rutherford a donné naissance à leur deuxième enfant, sa fille Helena, en juin 2009.
En août 2009, Rutherford et Giersch ont conclu un accord temporaire de garde physique conjointe, en vigueur jusqu’en avril 2010. Rutherford a également obtenu une ordonnance restrictive temporaire contre lui le mois suivant.
Les États-Unis de Giersch visa a été révoqué en avril 2012, après que l’avocat de Rutherford a informé le Département d’État de questions relatives aux entreprises de Giersch, ce qui a conduit le Département à conclure qu’il disposait de preuves suffisantes pour l’expulser.
Il a été rapporté que les allégations concernaient une fraude ou une participation au trafic de drogues et d’armes en Amérique du Sud, considéré comme du terrorisme en vertu de la Loi sur la Victoire. Giersch ne put donc pas entrer aux États-Unis et s’installa en France et à Monaco. En mai 2012, les enfants de Rutherford et Giersch sont partis en France pour passer l’été avec leur père. Rutherford a demandé au tribunal de lui accorder la garde exclusive afin qu’elle puisse garder les enfants principalement aux États-Unis après leur visite en France, car l’accord de garde conjointe existant l’obligeait à voyager fréquemment pour permettre à Giersch de passer du temps avec les enfants.
En août 2012, dans une décision largement rapportée, un juge de la Cour supérieure de Californie a statué que l’arrangement de garde 50/50 devait rester et que, Giersch ne pouvant se rendre aux États-Unis, les enfants devraient vivre en France avec lui et y aller à l’école, Rutherford s’y rendant pour leur rendre visite. Bien que Rutherford se soit opposée à la décision et ait demandé un arrêt des procédures pendant qu’elle faisait appel, sa demande a été rejetée et il a été décidé que, dans deux ans, son admissibilité à entrer aux États-Unis et le bien-être des enfants qui en résulterait seront réévalués.
En juin 2013, Rutherford a fait faillite, déclarant qu’elle avait des dettes d’environ 2 millions de dollars, principalement en raison des 1,5 million de dollars dépensés pour les frais juridiques liés au divorce et au litige de garde avec Giersch.
En mai 2015, Rutherford a obtenu la garde exclusive temporaire de ses enfants, à la suite d’une décision voulant que son fils et sa fille soient ramenés aux États-Unis de Monaco, où ils vivaient avec leur père depuis 2012. Le 23 juillet 2015, un juge californien a statué que la Californie n’avait pas compétence sur l’affaire de garde d’enfants de Rutherford parce qu’elle réside à New York, et son ancien mari a de nouveau obtenu la garde.
Rutherford a ensuite déposé une plainte à New York, mais le 27 juillet 2015, le tribunal de New York a jugé qu’il n’avait pas non plus compétence.
En décembre 2015, les tribunaux monégasques ont reconfirmé que la garde intégrale restait au père des enfants, Rutherford ayant accordé des droits de visite étendus en France et à Monaco ainsi qu’une contribution partagée concernant « la santé, la scolarité, l’éducation religieuse et tout changement de résidence ».