Dans la trilogie mythologique égyptienne, Les Chroniques de Kane, Khonsu est autorisé par Osiris à rendre visite aux personnages principaux, Sadie et Carter, qui ont besoin de trois heures pour traverser les Maisons de la nuit. Il a expliqué que, en tant que dieu de la lune, il pouvait leur accorder les heures dont ils avaient besoin, mais la seule façon de leur accorder trois heures est de parier leurs Rens, ou nom secret, un mot qui détenait un grand pouvoir sur une âme, sur un jeu de Senet, un ancien jeu de société égyptien. Il donnait une heure pour chaque pièce de jeu qu’ils sortaient du plateau, mais pour chaque pièce de jeu qu’il sortait du plateau, il prenait un Ren. Après le conseil d’un dieu et ami, Bes, les personnages principaux ont fait un geste qui a retiré leur troisième pièce de jeu du plateau, mais ont ensuite permis à Khonsu d’en retirer également une. Alors Khonsu a pris le nom secret de Bes, et son corps, bien qu’il ne fasse pas partie de l’accord. Il a ensuite disparu avant que Carter ne puisse l’attaquer.
Dans Marvel Comics, le personnage de Moon Knight est l’avatar de Khonshu, qui lui confère des capacités surnaturelles pour combattre le mal en son nom, mais le rend aussi lentement fou.
Dans le ver sériel web, Khonsu est le nom donné à l’un des Endbringers, un monstre géant de la série capable de manipuler le temps.
Dans le roman Les Griffes du temps de Jason Charles, Khonsu envoie la protagoniste féminine Dimiza / River cinq cent vingt ans dans le futur (de 1483 à 2003) pour échapper à l’exécution de son amant, le roi Richard III, qu’elle a aidé à devenir roi.
Dans la série de films Night At the Museum, la tablette d’Ahkmenrah, qui donne aux objets inanimés la capacité de prendre vie la nuit, est alimentée par Khonsu. Le pharaon Ahkmenrah, l’un des personnages principaux des films, a reçu de ses parents la tablette magiquement bénie peu de temps avant sa mort, dans l’intention de lui accorder la vie éternelle. Des milliers d’années plus tard, lorsque sa tombe est fouillée, sa momie et la tablette avec elle sont apportées au Musée d’histoire naturelle où ses pouvoirs (probablement involontairement) s’étendent au reste des expositions du musée. Dans le troisième opus, Secret of the Tomb, il est révélé que l’exposition au clair de lune est nécessaire pour recharger les pouvoirs de la tablette. Cela s’explique par les associations profondes de Khonsu avec la lune. Les liens de la divinité avec la guérison et la fertilité peuvent également être liés à ses propriétés vivifiantes.
Dans la série télévisée Stargate SG-1, Khonsu était un Goa’uld de bas niveau. Il a ordonné à son premier prime, ou chef de son Jaffa, de capturer l’équipe SG-1 pour le titre des Anubis Goa’ulds dans la saison 6, épisode 8.