La décision
Le juge en chef a reconnu le dilemme que l’affaire posait à la cour. Si le tribunal délivrait le bref de mandamus, Jefferson pourrait simplement l’ignorer, car le tribunal n’avait pas le pouvoir de l’appliquer. Si, en revanche, la cour refusait de délivrer le bref, il semblerait que le pouvoir judiciaire du gouvernement ait fait marche arrière devant l’exécutif, et que Marshall ne le permettrait pas. La solution qu’il a choisie a été qualifiée à juste titre de tour de force. D’un seul coup, Marshall réussit à établir le pouvoir de la cour en tant qu’arbitre ultime de la Constitution, à châtier l’administration Jefferson pour son non-respect de la loi et à éviter que l’autorité de la cour ne soit contestée par l’administration.
Marshall, adoptant un style qui marquerait toutes ses opinions majeures, a réduit l’affaire à quelques questions de base. Il a posé trois questions : (1) Marbury avait-il droit à la commission ? (2) S’il l’a fait et que son droit a été violé, la loi lui a-t-elle fourni un recours? (3) Si c’était le cas, le recours approprié serait-il un bref de mandamus de la Cour suprême? La dernière question, la plus cruciale, portait sur la compétence de la cour et, dans des circonstances normales, il aurait été répondu en premier, car une réponse négative aurait évité de trancher les autres questions. Mais cela aurait privé Marshall de l’occasion de critiquer Jefferson pour ce que le juge en chef considérait comme un mépris de la loi par le président.
Suivant les arguments du conseil de Marbury sur les deux premières questions, Marshall a estimé que la validité d’une commission existait dès lors qu’un président la signait et la transmettait au secrétaire d’État pour apposer le sceau. La discrétion présidentielle s’arrêtait là, car la décision politique avait été prise, et le secrétaire d’État n’avait qu’une tâche ministérielle à accomplir — la réalisation de la commission. En ce que la loi l’obligeait, comme tout le monde, à obéir. Marshall fit une distinction minutieuse et longue entre les actes politiques du président et du secrétaire, dans lesquels les tribunaux n’intervenaient pas, et la simple exécution administrative que, régie par la loi, le pouvoir judiciaire pouvait contrôler.
Ayant décidé que Marbury avait droit à la commission, Marshall se tourna ensuite vers la question du recours, et trouva une fois de plus en faveur du demandeur, estimant que « le fait d’avoir ce titre légal à l’office a un droit conséquent à la commission, un refus de livraison qui constitue une violation flagrante de ce droit, pour lequel les lois de son pays lui offrent un recours. Après avoir fustigé Jefferson et Madison pour avoir « détourné les droits acquis des autres”, Marshall a abordé la troisième question cruciale. Bien qu’il aurait pu considérer que le recours approprié était un bref de mandamus de la Cour suprême — parce que la loi qui avait accordé à la cour le pouvoir de mandamus dans la juridiction initiale (plutôt que d’appel), la Loi judiciaire de 1789, était toujours en vigueur —, il a déclaré que la cour n’avait pas le pouvoir de délivrer un tel bref, car la disposition pertinente de la loi était inconstitutionnelle. L’article 13 de la loi, a-t-il soutenu, était incompatible avec l’article III, section 2 de la Constitution, qui stipule en partie que « la Cour suprême a compétence initiale” dans « toutes les affaires touchant les Ambassadeurs, les autres Ministres publics et les Consuls, et celles dans lesquelles un État est Partie”, et que « dans toutes les autres affaires susmentionnées, la Cour suprême a compétence en appel. »En abandonnant ainsi le pouvoir dérivé du statut de 1789 (et en donnant à Jefferson une victoire technique dans l’affaire), Marshall a acquis pour la cour un pouvoir beaucoup plus important, celui de contrôle judiciaire.