Kelly a fait ses débuts d’actrice professionnelle dans le film de fiction Love, Lies and Murder, jouant l’adolescente Cinnamon Brown, qui a été contrainte par son père de tuer sa femme et sa belle-mère, Linda Brown. Elle devait initialement avoir un rôle principal en tant que Polly Pry dans Cannibal de Trey Parker et Matt Stone! La comédie musicale, mais Kelly a été convaincue de ne pas le faire par son agent par crainte que cela puisse potentiellement ruiner sa carrière, et a finalement été remplacée par Toddy Walters, bien qu’elle soit toujours créditée dans le générique de fin sous ses initiales « M.K. » comme « le décrocheur ». Elle a ensuite eu de petits rôles dans les films The Boy Who Cried Bitch, Hi-Life et Billy Bathgate avant d’être choisie comme Donna Hayward dans Twin Peaks: Fire Walk with Me. Pour ce film, elle est rentrée chez elle et a obtenu la permission de son prêtre à cause d’une scène de sexe explicite. La même année, elle a joué face à D. B. Sweeney dans la comédie romantique The Cutting Edge et a joué deux rôles face à Robert Downey Jr. dans Chaplin. Selon une interview de TV Guide, avant de jouer son rôle dans Daybreak, Kelly a de nouveau demandé conseil à son prêtre: « Étant catholique, je me demandais si ce serait contraire à ma religion de jouer une fille qui a des relations sexuelles avant le mariage. »Le prêtre lui a dit: « ça allait, tant que mes intentions artistiques étaient vraies et que je ne le faisais pas pour la notoriété ou l’argent. »
Elle est depuis apparue dans les films Avec les honneurs, Little Odessa, La Cravate qui lie et Dangerous Beauty, entre autres, et a fourni la voix adulte de Nala dans Le Roi Lion de Disney, Le Roi Lion II: La Fierté de Simba et Le Roi Lion 1½. Dans sa carrière cinématographique indépendante, Kelly a eu le rôle principal de l’activiste Dorothy Day dans Entertaining Angels: L’histoire de Dorothy Day et a joué aux côtés de Glenn Close dans La sécurité des objets. Elle a joué Helen Keller dans le film pour la télévision Monday After the Miracle, diffusé le 15 novembre 1998 sur CBS.
Kelly a joué dans le drama de CBS Pour Avoir & pour tenir face à Jason Beghe avant de jouer Mandy Hampton dans la première saison de The West Wing. En 2003, Kelly a commencé à jouer la mère célibataire Karen Roe dans le drame pour adolescents One Tree Hill. Elle a également réalisé deux épisodes de la série: « Resolve » (2007) et « I Slept with Someone in Fall Out Boy and All I Got Was This Stupid Song Written About Me » (2006). Dans la cinquième saison, elle a cessé d’être un acteur régulier, mais a fait des apparitions dans le 100e épisode et la finale de la sixième saison. Elle a fait des apparitions dans des émissions de télévision telles que Heroes, Law &Order et Numb3rs. Kelly est également apparue dans les films Remember the Daze, A Smile as Big as the Moon, Taken Back: Finding Haley, et Girl in the Bunker.