Dans N, le joueur contrôle un ninja qui navigue dans des niveaux basés sur des tuiles tout en évitant les dangers, en collectant de l’or et en ouvrant éventuellement une porte de sortie qui termine le niveau. Le gameplay implique quatre touches: une touche déplacer vers la gauche (flèche gauche par défaut), une touche déplacer vers la droite (flèche droite par défaut), un saut (touche maj par défaut, bien que la touche z soit une alternative courante) et un suicide (touche k par défaut). Des combinaisons de mouvements et de sauts sur différents types de terrain permettent au ninja d’effectuer une variété de mouvements, tels que sauter d’un mur à l’autre, grimper sur des pentes verticales et glisser sur des surfaces raides.
La version 1.4 de N contient 100 épisodes (numérotés de 00 à 99), tandis que la version 2.0 contient 120 épisodes (deux colonnes bonus pouvant être débloquées après la fin des épisodes principaux du jeu). Chaque épisode de toutes les itérations du jeu comporte cinq niveaux (numérotés de 0 à 4). N prend également en charge les niveaux créés par l’utilisateur. Cela se fait via un éditeur de niveau intégré appelé NEd, ou « N Editor ». Les niveaux peuvent être ajoutés à un jeu en modifiant un fichier texte accompagnant le jeu qui contient des données de niveau utilisateur.
N 1.4 contient un total de 500 cartes, dont 450 sont réalisées par le logiciel Metanet ; 2.0 contient 600 niveaux, dont 500 sont réalisés par le logiciel Metanet. Les 50 niveaux restants de la version 1.4 sont les niveaux utilisateur susmentionnés qui ont été sélectionnés à la main par Metanet en 2005, tandis que les 100 niveaux restants de la version 2.0 étaient des niveaux utilisateur sélectionnés par un panel de fans à la fin de 2012 et ont été finalisés par Metanet Software en 2013. (L’équipe derrière la sélection de la liste restreinte était répertoriée dans les crédits du jeu sous leurs alias respectifs.) Le but de chaque niveau est de déclencher l’interrupteur et de sortir par la porte qu’il ouvre dans le délai imparti. Certains niveaux ont plus d’une sortie et un commutateur associé, ce qui donne au joueur plus de liberté pour décider de son itinéraire et de sa méthode pour compléter la carte. Chaque épisode reçoit une limite de temps cumulative. Au début du niveau 0, le joueur dispose de 90 secondes pour terminer les cinq niveaux suivants. La limite de temps de l’épisode peut être augmentée en collectant de l’or, ce qui ajoute deux secondes par pièce. Le temps restant à la fin de chaque niveau passe au niveau suivant. La seule exception est le niveau final, dans lequel le temps restant devient le score de cet épisode.