En septembre 2017, Khan a été accusé d’interactions inappropriées en ligne avec de nombreuses femmes, comme le rapporte un article du journal National. Ces accusations ont été répétées dans les journaux internationaux; Khan a répondu que les conversations textuelles divulguées étaient « entre adultes consentants » et que les femmes étaient des perspectives de mariage, notant qu’il était divorcé depuis deux ans. En décembre 2017, BuzzFeed News a publié un article sur ce qu’il a appelé les activités d' »abus spirituel » de Khan, affirmant qu’il avait demandé sans succès à des avocats à quatre autres religieux de ne pas publier une déclaration commune faisant référence à des « mariages fictifs secrets ». Un article de The Atlantic a noté des réactions négatives contre les femmes qui avaient accusé Khan d’inconduite.
En octobre 2017, un comité composé de divers érudits islamiques et de leaders communautaires, y compris ceux qui ont occupé des postes de direction au sein de la Société islamique d’Amérique du Nord, de conseillers et de professionnels de la santé mentale, a publié une déclaration après avoir mené leur propre enquête sur la question. Parmi le panel figuraient Aisha Al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid et Ingrid Mattson. Le comité a déclaré : » C’est avec un cœur lourd que nous confirmons que Fr. Nouman a commis des violations importantes de la confiance, des abus spirituels et un comportement contraire à l’éthique. »Le comité a recommandé que Khan » fasse face aux conséquences de ses actes, et… faites une pause dans la vie publique afin de recevoir des conseils et de vous engager dans des actes d’expiation.”