Un organisme fastidieux est tout organisme qui a des besoins nutritionnels complexes ou particuliers. En d’autres termes, un organisme exigeant ne se développera que lorsque des nutriments spécifiques sont inclus dans son milieu. Le terme plus restrictif microorganisme fastidieux est utilisé en microbiologie pour décrire les microorganismes qui ne se développeront que si des nutriments spéciaux sont présents dans leur milieu de culture. Ainsi, la minutie est souvent définie pratiquement comme étant difficile à cultiver, par n’importe quelle méthode encore éprouvée. Un exemple de bactérie fastidieuse est Neisseria gonorrhoeae, qui nécessite du sang ou de l’hémoglobine et plusieurs acides aminés et vitamines pour se développer. D’autres exemples incluent Campylobacter spp. et Helicobacter spp., qui sont capnophiles – nécessitent une teneur élevée en CO2 – entre autres exigences. Les organismes exigeants ne sont pas intrinsèquement « faibles » — ils peuvent prospérer et prospérer dans leur niche écologique particulière avec ses nutriments particuliers, sa température et son absence de concurrents, et ils peuvent être assez difficiles à tuer. Mais ils sont difficiles à cultiver simplement parce qu’il est difficile de simuler avec précision leur milieu naturel dans un milieu de culture. Par exemple, le Treponema pallidum n’est pas facile à cultiver, mais il est résilient dans son environnement préféré, étant difficile à éradiquer de tous les tissus d’une personne atteinte de syphilis.
Un exemple de la pertinence pratique de la minutie est qu’un résultat de culture négatif peut être un faux négatif; autrement dit, ce n’est pas parce que la culture n’a pas produit l’organisme d’intérêt que l’organisme était absent de l’échantillon, de l’endroit d’où provient l’échantillon ou des deux. Cela signifie que la sensibilité du test est moins que parfaite. Ainsi, par exemple, la culture seule peut ne pas suffire à aider un médecin qui essaie de savoir quelle bactérie provoque une pneumonie ou une septicémie chez un patient hospitalisé, et donc quel antibiotique utiliser. Lorsqu’il est nécessaire de déterminer quelles bactéries ou quels champignons sont présents (en agriculture, en médecine ou en biotechnologie), les scientifiques peuvent également se tourner vers d’autres outils que les cultures, tels que les tests d’acides nucléiques (qui détectent plutôt l’ADN ou l’ARN de cet organisme, même si ce n’est que dans des fragments ou des spores par opposition à des cellules entières) ou les tests immunologiques (qui détectent plutôt ses antigènes, même si ce n’est que dans des fragments ou des spores par opposition à des cellules entières). Ces derniers tests peuvent être utiles en plus (ou à la place) de la culture, bien que la circonspection soit également nécessaire pour interpréter leurs résultats, car l’ADN, l’ARN et les antigènes de nombreuses bactéries et champignons différents sont souvent beaucoup plus répandus (dans l’air, le sol, l’eau et les corps humains) qu’on ne l’imagine — du moins en petites quantités. Ainsi, un positif sur ces tests peut parfois être un faux positif concernant la distinction importante de l’infection par rapport à la colonisation ou aux spores non germées. (Le même problème provoque également des erreurs de confusion dans les tests ADN en médecine légale; de minuscules quantités d’ADN peuvent se retrouver presque n’importe où, par exemple lors d’un transfert par des fomites, et parce que les tests modernes peuvent récupérer de si petites quantités, l’interprétation de leur présence nécessite une circonspection.) Ces considérations sont la raison pour laquelle des compétences sont nécessaires pour décider quel test est approprié à utiliser dans une situation donnée et pour interpréter les résultats.
Les besoins de certaines espèces microbiennes pour la vie comprennent non seulement des nutriments particuliers, mais des signaux chimiques de toutes sortes, dont certains dépendent, directement et indirectement, de la proximité d’autres espèces. Ainsi, non seulement les besoins en nutriments, mais aussi d’autres exigences chimiques peuvent faire obstacle à la culture d’espèces isolées. Lewis Thomas a mis la minutie et le défi de la culture des isolats dans un contexte logique dans son livre Lives of a Cell de 1974: « Il a été estimé que nous n’avons probablement une connaissance réelle que d’une faible proportion des microbes de la terre, car la plupart d’entre eux ne peuvent pas être cultivés seuls. Ils vivent ensemble dans des communautés denses et interdépendantes, se nourrissant et soutenant l’environnement les uns pour les autres, régulant l’équilibre des populations entre différentes espèces par un système complexe de signaux chimiques. Avec notre technologie actuelle, nous ne pouvons pas plus isoler une des autres, et l’élever seule, que nous ne pouvons empêcher une seule abeille de se dessécher comme une cellule desquamée lorsqu’elle est retirée de sa ruche. »L’un des corollaires logiques de ce passage est que l’inséparabilité de nombreuses espèces de leurs contextes écologiques d’origine est tout à fait naturelle et reflète seulement que les interdépendances dans les systèmes écologiques sont communes — pas qu’une faiblesse, une fragilité ou un entêtement sont à blâmer.