Une fois que le paraformaldéhyde est dépolymérisé, le formaldéhyde résultant peut être utilisé comme fumigant, désinfectant, fongicide et fixateur. Les polyoxyméthylènes à chaîne plus longue (poids moléculaire élevé) sont utilisés comme thermoplastique et sont connus sous le nom de plastique polyoxyméthylène (POM, Delrin). Il a été utilisé dans le passé dans la méthode discréditée Sargenti de traitement de canal radiculaire.
Le paraformaldéhyde n’est pas un fixateur; il doit être dépolymérisé en formaldéhyde en solution. En culture cellulaire, une procédure typique de fixation du formaldéhyde consisterait à utiliser une solution de formaldéhyde à 4% dans une solution saline tamponnée au phosphate (PBS) sur de la glace pendant 10 minutes. Dans la préparation d’échantillons d’histologie et de pathologie, généralement, l’étape de fixation est réalisée en utilisant du formol tamponné neutre à 10% (formaldéhyde à 4%) pendant au moins 24 heures.
Le paraformaldéhyde est également utilisé pour réticuler des protéines à l’ADN, comme utilisé dans l’immunoprécipitation à la chromatine (ChIP) qui est une technique permettant de déterminer à quelle partie de l’ADN certaines protéines se lient.
Le paraformaldéhyde peut être utilisé comme substitut du formaldéhyde aqueux pour produire le liant résineux, qui est couramment utilisé avec de la mélamine, du phénol ou d’autres agents réactifs dans la fabrication de panneaux de particules, de panneaux de fibres de densité moyenne et de contreplaqué.