Le système politique Tokugawa était peut-être le système féodal le plus complexe jamais développé. Il était similaire au système féodal européen (pape, empereur ou roi, barons féodaux et serviteurs en Europe par rapport à l’empereur, au shogun, au daimyo et aux serviteurs des samouraïs au Japon), mais il était également très bureaucratique, un attribut non associé au féodalisme européen.
Ce système politique s’appelait le système bakuhan. Bakou vient du bakufu qui était le gouvernement utilisé par les dirigeants Tokugawa pour administrer leurs affaires privées dans leur propre fief. Han signifie domaine et fait référence aux plus de 250 domaines qui existaient tout au long de la période Edo. Ainsi, bakuhan fait référence à la coexistence du gouvernement Tokugawa avec des gouvernements séparés et indépendants dans chacun des fiefs. Comme chaque daimyo était un serviteur du shogun, le bakufu ou shogunat avait un certain pouvoir dans tout le Japon. Ce n’était pas un système fédéral ni même une hiérarchie centralisée des autorités politiques; il s’agissait plutôt d’un système dans lequel deux ordres de gouvernement existaient avec un degré élevé d’indépendance.
Le shogunat Tokugawa ressemblait beaucoup à tout gouvernement domainal en ce qu’il était responsable d’abord de l’administration d’un territoire limité, le fief de la maison Tokugawa. En tant que tel, il s’agissait de contrôler la classe des samouraïs, de collecter des impôts (principalement sur l’agriculture), de maintenir l’ordre civil, de défendre le fief, de contrôler les villes, d’encourager le commerce et la fabrication nécessaires au fief, de limiter les types de commerce indésirables, etc. Dans la plupart des domaines, la portée du gouvernement était similaire. En fait, à l’époque d’Edo, la plupart des domaines ont copié le système du shogunat.
Le shogunat Tokugawa avait également des responsabilités et des préoccupations qui dépassaient celles des domaines ordinaires ; les shoguns Tokugawa étaient, après tout, des hégémons présidant tout un pays.
Le gouvernement Tokugawa traitait seul avec la cour impériale, la noblesse impériale et l’empereur lui-même. L’empereur était la source de la légitimité puisque la fonction de shogun était une nomination impériale. De plus, le confucianisme qui était l’idéologie officielle de la maison Tokugawa pendant la période Edo attirait l’attention sur l’empereur. Ainsi, le shogunat Tokugawa établit un monopole sur l’accès à la cour impériale. Au fil de la période, le monopole a été violé, mais il est essentiellement vrai que les Tokugawa contrôlaient et manipulaient la cour à ses propres fins.
Le shogunat détenait un quasi-monopole sur le commerce extérieur et les affaires étrangères. Le monopole commercial était important car les seuls Tokugawa bénéficiaient de bénéfices importants. Le commerce extérieur était également autorisé par le domaine de Satsuma vers le royaume de Ryukyu (Okinawa) et par le domaine de Tsushima vers la Corée, mais les affaires diplomatiques étaient généralement étroitement contrôlées par les Tokugawa.
Les relations extérieures étaient cruciales car leur contrôle faisait dire au public politique que la maison Tokugawa contrôlait tous les aspects du gouvernement ; c’était une source supplémentaire de légitimité. Dans cette optique, le shogunat Tokugawa restreint les contacts diplomatiques en interdisant à tous les Européens, à l’exception des Néerlandais, de venir au Japon après 1639; c’était la politique d’isolement national (sakoku). Mais même l’isolement était un exercice du pouvoir qui impressionnait les observateurs et encourageait la soumission.
Le rôle le plus important du shogunat était peut-être le contrôle des domaines, les han. C’est précisément ce qui manquait à la période des Royaumes combattants, la capacité de l’autorité centrale à imposer la paix. Au cours des quarante années précédant l’époque d’Edo, les trois unificateurs, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi et Tokugawa Ieyasu, ont développé un système qui s’est avéré de plus en plus capable d’assurer la loyauté et l’obéissance des vassaux. Le shogunat Tokugawa a pris cette expérience précédente et l’a perfectionnée à la perfection.
Les éléments de ce système comprenaient un réseau de police et d’espionnage qui signalait toute activité suspecte des samouraïs ou des daimyos. Les Daimyo étaient tenus de signaler toute alliance de mariage proposée entre domaines au shogunat pour approbation. Le contact entre les domaines était interdit pour réduire les possibilités de complot contre le shogunat. Le nombre de châteaux, leur taille et leur force étaient très strictement limités.
Le shogunat pouvait punir les daimyo pour leurs transgressions de diverses manières; un domaine pourrait être réduit en taille, le daimyo pourrait être déplacé vers un domaine entièrement différent, ou, la sanction ultime, le suicide pourrait être exigé, peut-être avec la punition supplémentaire de sa lignée étant réduite à un niveau non-daimyo.
L’aspect le plus important du système de contrôle des han était le système sankin-kotai, ou système de résidence alternée à Edo. Cela est né de la pratique de la période des Royaumes combattants consistant à exiger des otages de haut rang de vassaux ou d’alliés pour garantir un bon comportement. Le fondateur du shogunat, Tokugawa Ieyasu, a lui-même été otage pendant près de 13 ans lorsqu’il était jeune.
Les Tokugawa, cependant, formalisèrent la garde des otages. Ils ont établi des règles qui spécifiaient pour chaque daimyo une période de temps chaque année (ou deux ou trois) pendant laquelle le daimyo doit vivre à Edo. La famille du daimyo devrait vivre à Edo lorsque le daimyo retournera dans son domaine, de sorte que l’un sera l’otage de l’autre.
Non seulement cela a fourni des otages, mais cela a également imposé un fardeau économique au daimyo qui a drainé des ressources qui, autrement, auraient pu servir à des préparatifs militaires contre le shogunat. Le daimyo devait maintenir une grande résidence et des installations de soutien à Edo ainsi que dans leur domaine. Ils devaient également se rendre à Edo et en revenir selon un itinéraire dicté par le shogunat. La plupart voyageaient sur le Tokaido parce que le Nakasendo était utilisé par la cour impériale, mais le fardeau global était réparti entre les deux routes. L’ensemble du système consommait environ 25% du revenu disponible pour la plupart des daimyo.
Le shogunat n’était qu’une partie du système bakuhan, cependant ; les domaines étaient l’autre. Les domaines étaient indépendants en ce qui concerne leurs arrangements internes tant qu’il n’y avait pas de conflit avec les intérêts du shogunat. En pratique, les domaines dupliquaient volontairement le système de gouvernement du shogunat dans une large mesure parce que les intérêts et les problèmes d’un daimyo à son niveau étaient similaires à ceux du shogunat: comment maintenir la stabilité et l’ordre. De plus, les pouvoirs que le shogunat exerçait sur les domaines avaient pour effet de forcer les domaines à se comporter sensiblement de la même manière puisqu’ils étaient confrontés aux mêmes exigences.
Par exemple, tous les domaines importants ont maintenu des opérations commerciales à Osaka, le marché national, afin de vendre du riz et d’autres produits de base afin d’obtenir les liquidités requises par le système de présence alternée. Cette normalisation a beaucoup contribué à réduire les différences régionales et les antagonismes potentiels tout au long de la période Edo.
Comme le shogunat, les daimyo avaient un grand intérêt à pacifier et à contrôler leurs sujets et le général samuraiin. À la fin du XVIe siècle, Toyotomi Hideyoshi a désarmé les paysans à travers une série de chasses à l’épée dans le but de réduire leur contribution à la tourmente et de les épingler à la seule activité agricole. Dans les années qui ont suivi 1588, les samouraïs ont été progressivement retirés de leurs fiefs indépendants à la campagne et amenés dans les villes-châteaux des daimyos pour y vivre. Les samouraïs se sont séparés de la paysannerie à la fois dans leur rôle social et leur lieu de résidence.