L’Université a été fondée sous le nom de San Jose Bible College en 1939, à San Jose par William Jessup, le premier président de l’école. Eugene Claremont Sanderson avait initialement fondé une école appelée Evangel Bible University à San Jose en 1934, mais n’a pas pu la rendre viable. En conséquence, il a recruté William Jessup, l’un de ses anciens élèves pour prendre la relève. En 1951, avec l’expansion de l’école et l’empiétement de l’Université d’État de San José de l’autre côté de la rue, le San Jose Bible College déménage dans une parcelle bordée par Coyote Creek, 12th Street et près de 30 ans plus tard par l’I-280. Des bâtiments de classe de style espagnol et plusieurs dortoirs constituaient le petit campus.
William Jessup prend sa retraite en 1960 et est remplacé par Alvan L. Tiffin. Plus tard, Woodrow Phillips, un ancien élève, a été président de 1968 à 1979 et Chuck Boatman a été président de 1979 à 1984. Dr. Bryce Jessup, un ancien de l’Université Pepperdine et fils du président initial, a été président de 1984 à 2010, date à laquelle il a pris sa retraite. Le Dr John Jackson a été choisi pour être le sixième président en mars 2011.
En 1989, l’école a été renommée San Jose Christian College et a été accréditée au niveau régional par le WASC en 2002. Comme l’administration n’a pas pu trouver un nouvel emplacement dans la vallée de Santa Clara, il a été décidé de déménager dans la ville métropolitaine de Rocklin à Sacramento en avril 2003. Le Collège a officiellement quitté son campus de San Jose en juin 2004. À cette époque, le collège a été renommé Université William Jessup. Un campus de branche a été conservé à San Jose qui sert principalement les étudiants non traditionnels et diplômés.
L’emplacement actuel était autrefois une usine de meubles Herman Miller, et de nombreux bâtiments ont été conçus par Frank Gehry.