β-arket er et element av protein sekundær struktur, og intra- / intermolekylære β-arkinteraksjoner spiller sentrale roller i biologiske regulatoriske prosesser, inkludert stillas, transport og oligomerisering. I naturen er en β-arkformasjon tett regulert fordi dysregulert β-stabling ofte fører til alvorlige sykdommer som Alzheimers, Parkinsons, systemisk amyloidose eller diabetes. Identifiseringen av iboende β-arkdannende tilbøyeligheter kan dermed gi verdifull innsikt i proteindesign for utvikling av ny terapi. Strukturbaserte designmetoder kan imidlertid ikke være generelt anvendelige for slike amyloidogene peptider, hovedsakelig på grunn av høy strukturell plastisitet og kompleksitet. Derfor er en alternativ designstrategi basert på komplementær sekvensinformasjon av betydelig betydning. Her har vi utviklet en databasesøkemetode som heter β-Stacking Interaction DEsign For Reciprocity (B-SIDER) for utforming av komplementære β-tråder. Denne metoden gjør bruk av den strukturelle databaseinformasjon og genererer målspesifikke score matriser. Den diskriminerende effekten AV b-SIDER-skårefunksjonen ble testet på representative amyloidogene peptidunderstrukturer mot en sekvensbasert skåringsmatrise (PASTA 2.0) og to populære ab initio protein design score funksjoner (Rosetta Og FoldX). B-SIDER er i stand til å skille villtype amyloidogene β-tråder som favoriserte interaksjoner på en mer konsistent måte enn andre metoder. B-SIDER ble prospektivt anvendt på utformingen av komplementære β-tråder for en splitGFP stillas. Tre varianter ble identifisert for å ha sterkere interaksjoner enn den opprinnelige sekvensen valgt gjennom en rettet evolusjon, emitting høyere fluorescens intensiteter. Våre resultater tyder på AT B-SIDER kan brukes til design av andre β-tråder, og bidrar til utvikling av terapeutiske midler mot sykdomsrelaterte amyloidogene peptider.