Proteinhydrolyse er en nyttig rute til isolering av individuelle aminosyrer. Eksempler er cystin fra hydrolyse av hår, tryptofan fra kasein, histidin fra røde blodlegemer og arginin fra gelatin.Vanlige hydrolyserte produkter som brukes i mat er hydrolysert vegetabilsk protein og gjærekstrakt, som brukes som smaksforsterkere fordi hydrolysen av proteinet produserer fri glutaminsyre. Noen hydrolyserte biffproteinpulver brukes til spesialiserte dietter.
proteinhydrolyse kan brukes til å modifisere de allergifremkallende egenskapene til spedbarnsformel. Redusere størrelsen på kumelkproteiner i formelen gjør den mer egnet til konsum av babyer som lider av melkeproteinintoleranse. DEN AMERIKANSKE FDA har godkjent en etikett for denne bruken av delvis hydrolyserte proteiner i 2017, men en meta-analyse publisert samme år viser utilstrekkelig bevis for denne bruken.Hydrolysert protein brukes også i visse spesielt formulerte hypoallergene kjæledyrsmat, spesielt hundemat for hunder og valper som lider av allergier forårsaket av visse proteintyper i standard kommersielle hundematmerker. Proteininnholdet i maten er delt inn i peptider som reduserer sannsynligheten for at et dyrs immunsystem gjenkjenner en allergisk trussel. Hydrolyserte protein dietter for katter er ofte anbefalt for felines med matallergi og visse typer fordøyelsesproblemer.