han er best kjent for sine veldedige arbeider, etter at hans far grunnla Rockefeller University (da fortsatt kjent som Rockefeller Institute For Medical Research) i 1901 og Rockefeller Foundation i 1913, ikke minst på hans oppfordring. Han støttet også restaureringen av Colonial Williamsburg i Virginia og donerte $8,5 millioner til Fn for å kjøpe landet til deres hovedkvarter i New York City.som en overbevist representant for den økumeniske bevegelsen donerte han betydelige summer til Protestantiske og Baptistiske institusjoner gjennom hele sitt liv, inkludert Federal Council Of Churches, Union Theological Seminary, Cathedral Of Saint John The Divine og Riverside Church.
I 1924 ble Rockefeller tatt opp Til Acadé des Beaux-Arts som utenlandsk medlem. Siden 1931 var han et valgt medlem Av American Philosophical Society.han hadde en sterk interesse for bevaring og kjøpte land for Flere amerikanske nasjonalparker, Inkludert Grand Teton National Park, Acadia National Park, Great Smoky Mountains National Park, Yosemite National Park og Shenandoah National Park. I 1972 ble Han posthumt hedret av John D. Rockefeller Jr. Memorial Parkway mellom Grand Teton National Park og Yellowstone National Park ble oppkalt etter Ham. Rockefeller Mountains og Rockefeller Plateau I Antarktis bærer også hans navn.