Hormonbehandling
Vekst av penis både før fødselen og i barndommen og puberteten er sterkt påvirket av testosteron og i mindre grad veksthormonet. Imidlertid har senere endogene hormoner hovedsakelig verdi i behandlingen av mikropener forårsaket av hormonmangel, som hypopituitarisme eller hypogonadisme.
Uavhengig av årsaken til mikropenis, hvis den er anerkjent i barndom, foreskrives ofte en kort løpet av testosteron (vanligvis ikke mer enn 3 måneder). Dette induserer vanligvis en liten mengde vekst, bekrefter sannsynligheten for videre vekst i puberteten, men sjelden oppnår normal størrelse. Ingen ekstra testosteron er gitt i barndommen, for å unngå uønsket virilisering og bein modning. (Det er også noen bevis for at tidlig administrasjon av testosteron kan føre til redusert penis størrelse i voksen.)
Testosteronbehandling gjenopptas i ungdomsår bare for gutter med hypogonadisme. Penile vekst er fullført på slutten av puberteten, i likhet med fullføring av høyde vekst, og levering av ekstra testosteron til post-pubertale voksne produserer liten eller ingen videre vekst.
Kirurgi
fordi hormonbehandling sjelden oppnår gjennomsnittlig størrelse, har flere kirurgiske teknikker som ligner på phalloplasty for penisforstørrelse blitt utviklet og utført; men de er generelt ikke ansett som vellykkede nok til å bli allment vedtatt og utføres sjelden i barndommen.
i ekstreme tilfeller av mikropenis er det knapt noen aksel, og glansen ser ut til å sitte nesten på skinnhuden. Fra 1960-tallet til slutten av 1970-tallet var det vanlig at sexoverføring og kirurgi ble anbefalt. Dette var spesielt sannsynlig hvis bevis antydet at respons på ekstra testosteron og pubertal testosteron ville være dårlig. Med foreldrenes aksept, gutten ville bli omplassert og omdøpt som en jente, og kirurgi utført for å fjerne testiklene og konstruere en kunstig vagina. Dette var basert på den nå spurte ideen om at kjønnsidentitet ble formet helt fra sosialisering, og at en mann med en liten penis ikke finner noe akseptabelt sted i samfunnet.Johns Hopkins Hospital, senteret mest kjent for denne tilnærmingen, utførte tolv slike omplasseringer fra 1960 til 1980, mest kjent Som David Reimer (hvis penis ble ødelagt av en omskjærings ulykke), overvåket Av John Money. Ved midten av 1990-tallet ble omplassering mindre ofte tilbudt, og alle tre lokalene hadde blitt utfordret. Tidligere fag av en slik operasjon, vokal om deres misnøye med det voksne utfallet, spilte en stor rolle i å motvirke denne praksisen. Seksuell overføring utføres sjelden i dag for alvorlig mikropenis (selv om spørsmålet om å heve gutten som en jente er noen ganger fortsatt diskutert.) (Se «Historien om intersex kirurgi» for en fyldigere diskusjon.)