Kelly gjorde sin profesjonelle filmdebut i den faktabaserte tv-filmen Love, Lies and Murder, der hun spilte tenåringen Cinnamon Brown, som ble tvunget av sin far til å drepe sin kone og hennes stemor, Linda Brown. Hun var opprinnelig kommer til å ha en hovedrolle Som Polly Lirke I Trey Parker Og Matt Stone Cannibal! Den Musikalske, Men Kelly var overbevist om ikke å gjøre det av hennes agent ut av bekymringer det kunne potensielt ødelegge hennes karriere, og ble til slutt erstattet Med Toddy Walters, selv om hun fortsatt ble kreditert i rulleteksten under hennes initialer » M. K.»Som » Dropout». Hun fortsatte med å ha små roller i filmene The Boy Who Cried Bitch, Hi-Life og Billy Bathgate før hun ble kastet Som Donna Hayward i Twin Peaks: Fire Walk with Me. For den filmen, hun dro hjem og fikk tillatelse fra sin prest på grunn av en eksplisitt kjønn scene. Samme år spilte Hun mot D. B. Sweeney i den romantiske komedien The Cutting Edge og spilte to roller Mot Robert Downey Jr.i Chaplin. Ifølge EN TV Guide intervju, Før du tar på seg sin rolle I Daybreak, Kelly igjen spurte henne prest om råd: «Å Være Katolikk, lurte jeg på om det ville være mot min religion å spille en jente som har premarital sex.»Presten fortalte henne» det var greit, så lenge mine kunstneriske intensjoner var sanne, og jeg gjorde det ikke for beryktet eller pengene.»
Hun har siden dukket opp i filmene Med Laud, Lille Odessa, Tie Som Binder, Og Dangerous Beauty, blant andre, og gitt den voksne stemmen Til Nala I Disneys Løvenes Konge, Løvenes Konge II: Simba Stolthet, Og Løvenes Konge 1½. I sin uavhengige filmkarriere, Kelly hadde hovedrollen som aktivist Dorothy Day I Underholdende Angels: Dorothy Day-Historien og stjernespillet Sammen Med Glenn Close i Sikkerheten Til Objekter. Hun spilte Helen Keller i tv-filmen Monday After The Miracle, som ble sendt på CBS den 15. November 1998.
Kelly spilte i cbs drama Å ha & Å Holde motsatt Jason Beghe før Du spiller Mandy Hampton i Den Første sesongen Av West Wing. I 2003 begynte Kelly å spille alenemor Karen Roe i tenåringsdramaet One Tree Hill. Hun har også regissert to episoder av serien: «Resolve «(2007) og «Jeg Sov med Noen I Fall Out Boy og Alt Jeg Fikk Var Denne Dumme Sangen Skrevet Om Meg» (2006). I den femte sesongen sluttet hun å være et vanlig cast-medlem, men gjorde gjesteopptredener i 100. episode og sjette sesongfinalen. Hun har gjort gjesteopptredener i tv-programmer som Heroes, Law & Order, Og Numb3rs. Kelly har også dukket opp i Filmene Remember The Daze, Et Smil Så Stort Som Månen, Tatt Tilbake: Finne Haley, Og Jente I Bunkeren.