i N, kontrollerer spilleren en ninja som navigerer flis-baserte nivåer samtidig unngå farer, samle gull, og til slutt åpne en utgangsdør som fullfører nivået. Gameplay innebærer fire taster-en flytt-venstre tast—standard venstre pil), en flytt-høyre tast (standard høyre pil), hopping (standard shift-tasten, selv om z-tasten er et vanlig alternativ), og selvmord (standard k-tasten). Kombinasjoner av bevegelse og hopping på ulike typer terreng gjør at ninjaen kan utføre en rekke bevegelser, for eksempel å hoppe fra vegg til vegg, klatre opp vertikale skråninger og skyve ned bratte flater.
Versjon 1.4 av N inneholder 100 episoder (nummerert 00 til 99), mens versjon 2.0 inneholder 120 episoder (på grunn av at to bonus kolonner kan låses opp etter ferdigstillelse av hovedspillepisodene). Hver episode i alle iterasjoner av spillet har fem nivåer (nummerert 0 til 4). N støtter også bruker-laget nivåer. Dette gjøres gjennom en innebygd nivå editor kalt NEd, Eller «N Editor». Nivåer kan legges inn i et spill ved å endre en tekstfil som følger spillet som inneholder brukernivå data.N 1.4 har totalt 500 kart, hvorav 450 er Laget Av Metanet Software; 2.0 inneholder 600 nivåer, hvorav 500 er laget Av Metanet Software. De resterende 50 nivåene i 1,4 er nevnte brukernivåer som ble håndplukket Av Metanet i 2005, mens de resterende 100 nivåene i 2,0 var brukerskapte nivåer valgt av et panel av fans i slutten av 2012 og ble avsluttet Av Metanet Software i 2013. (Teamet bak shortlist-utvalget ble oppført i spillets kreditter under deres respektive aliaser.) Målet med hvert nivå er å utløse bryteren og gå ut gjennom døren den åpnes innen fristen. Noen nivåer har mer enn en utgang og tilhørende bryter, noe som gir spilleren mer frihet til å bestemme sin rute og metode for å fullføre kartet. Hver episode er gitt en kumulativ tidsbegrensning. Ved begynnelsen av nivå 0 får spilleren 90 sekunder for å fullføre de neste fem nivåene. Episodens tidsbegrensning kan økes ved å samle gull, som legger til to sekunder per stykke. Tiden igjen på slutten av hvert nivå går over til neste nivå. Det eneste unntaket er det endelige nivået, hvor tiden igjen blir episodens poengsum.