cifrurile utilizate în criptograme nu au fost create inițial în scopuri de divertisment, ci pentru criptarea reală a secretelor militare sau personale.
prima utilizare a criptogramei în scopuri de divertisment a avut loc în Evul Mediu de către călugării care aveau timp liber pentru jocuri intelectuale. Un manuscris găsit la Bamberg afirmă că vizitatorii irlandezi la curtea din Merfyn Frych ap Gwriad (decedat în 844), regele Gwynedd din țara Galilor au primit o criptogramă care putea fi rezolvată doar prin transpunerea literelor din latină în greacă. În jurul secolului al XIII-lea, călugărul englez Roger Bacon a scris o carte în care enumera șapte metode de cifrare și a declarat că „un om este nebun care scrie un secret în orice alt mod decât unul care îl va ascunde de vulgar.”În secolul al 19-lea, Edgar Allan Poe a ajutat la popularizarea criptogramelor cu multe articole din ziare și reviste.exemple cunoscute de criptograme în cultura contemporană sunt puzzle-urile sindicalizate de ziare Cryptoquip și Cryptoquote, din King Features.
într-o provocare publică, scriitorul J. M. Appel a anunțat pe 28 septembrie 2014 că pagina de Cuprins a colecției sale de nuvele, Scouting for the Reaper, s-a dublat și ca criptogramă și a promis un premiu pentru primul care a rezolvat-o.