este cunoscut mai ales pentru lucrările sale caritabile, după ce tatăl său a fondat Universitatea Rockefeller (pe atunci cunoscută și sub numele de Institutul Rockefeller pentru Cercetări Medicale) în 1901 și Fundația Rockefeller în 1913, nu în ultimul rând la instigarea sa. El a sprijinit, de asemenea, restaurarea Colonial Williamsburg în Virginia și a donat 8,5 milioane de dolari Organizației Națiunilor Unite pentru a cumpăra terenul pentru sediul lor din New York.în calitate de reprezentant convins al mișcării ecumenice, el a donat sume considerabile instituțiilor protestante și Baptiste de-a lungul vieții sale, inclusiv Consiliul Federal al Bisericilor, Seminarul teologic al Uniunii, Catedrala Sfântul Ioan cel Divin și biserica Riverside.
în 1924, Rockefeller a fost admis la Academia de Arte Frumoase ca membru străin. Din 1931 a fost membru ales al Societății Filosofice americane.
a avut un interes puternic pentru conservare și a cumpărat terenuri pentru mai multe parcuri naționale americane, inclusiv Parcul Național Grand Teton, Parcul Național Acadia, Parcul Național Great Smoky Mountains, Parcul Național Yosemite și Parcul Național Shenandoah. În 1972, a fost onorat postum de John D. Rockefeller Jr.Memorial Parkway între Parcul Național Grand Teton și Parcul Național Yellowstone a fost numit după el. Munții Rockefeller și platoul Rockefeller din Antarctica îi poartă și numele.