Jackson a început să joace într-un rol mic în filmul Crooked Hearts în 1991. În anul următor, a jucat rolul lui Charlie într-o versiune muzicală a lui Willie Wonka și a fabricii de ciocolată. În acest moment, cu ajutorul regizorului de casting al piesei, Laura Kennedy, s-a alăturat agenției William Morris. Curând după aceea, a obținut rolul lui Charlie (#96) în seria Mighty Ducks, jucând un jucător de hochei tânăr și aspirant.Joshua Jackson a continuat să apară ca Pacey Witter pe Dawson ‘ s Creek, care a fost creat de Kevin Williamson și a rulat pe rețeaua WB din 1998 până în 2003 și a jucat, de asemenea, James Van Der Beek, Michelle Williams și Katie Holmes. În timp ce spectacolul era în pauză, a apărut în mai multe filme, inclusiv intenții crude (o adaptare New York yuppie a les Liaisons dangereuses care a jucat și Sarah Michelle Gellar și Ryan Phillippe), craniile, siguranța obiectelor, proiectul Laramie și un scurt cameo în remake-ul Ocean ‘ s Eleven în care apare ca el însuși într-o scenă de poker cu Brad Pitt, George Clooney și Holly Marie Combs, printre alții. În 2000, el a jucat, de asemenea, în sezonul 12 din Simpsonii, exprimând personajul lui Jesse Grass, un „ecologist chipeș” și interes de dragoste pentru Lisa Simpson în episodul „Lisa The Tree Hugger”. De asemenea, a fost distribuit ca „Beau” în Film bârfă în 2000 cu actori James Marsden, Kate Hudson și Norman Reedus.la scurt timp după ce Dawson ‘ s Creek s-a încheiat în 2003, Jackson a jucat rolul principal în filme alături de Dennis Hopper (Americano), Harvey Keitel (umbre în soare) și Donald Sutherland (Aurora Borealis). În 2005, Jackson s-a mutat în Marea Britanie și și-a făcut debutul pe scenă la London West End cu Patrick Stewart în David Mametjoacă de doi bărbați, o viață în teatru. Piesa a fost un succes critic și popular și s-a desfășurat din februarie până în aprilie a acelui an. Jackson a spus că va lua în considerare revenirea pe scenă, pentru a-și încerca mâna pe Broadway. Următorul său rol de film a fost în Bobby, regizat de Emilio Estevez, co-starul lui Jackson din Mighty Ducks. A jucat un rol principal în Shutter, un remake american al unui film de groază Thailandez cu același nume. A jucat și a acționat ca producător executiv în filmul independent Canadian One Week, care a fost deschis pe 6 martie 2009.din 2008 până în 2013, Jackson a jucat rolul principal al lui Peter Bishop în serialul science-fiction Fringe, creat de JJ Abrams, Roberto Orci și Alex Kurtzman. Serialul a apărut pe Fox TV rețea și a fost al doilea cel mai bine cotat nou spectacol din sezonul 2008-2009 după CBS ‘ s mentalistul. BuddyTV l-a clasat pe locul 9 pe lista „TV’ s 100 Sexiest Men of 2010”, #19 în 2011 și #14 în 2012.
Jackson a fost nominalizat la Premiul Genie pentru cea mai bună interpretare de către un Actor într-un rol principal pentru filmul One Week. A câștigat premiul pe 12 aprilie 2010. A ținut și a găzduit satiricul Pacey-Con în 2010, chiar vizavi de San Diego Comic-Con, purtând o cămașă de bowling și oferind ficțiune fanilor, scrisă de Dawson ‘ s Creek fani, celor care așteaptă în linia de intrare Comic-Con. Imaginile evenimentului au fost înregistrate pentru un videoclip, intitulat ‘Pacey-Con’, pe care îl filma pentru Will Ferrell ‘ s Funny or Die celebrity humor site-ul web. În 2013, Jackson a apărut în filmul IFC inevitabil cu Marisa Tomei și Alexander Siddig. Jackson a scris prima poveste din trilogia de benzi desenate Beyond The Fringe, intitulată”Peter and the Machine”. Jackson a jucat în show-ul de televiziune de succes Showtime, The Affair, unde a jucat Cole Lockhart, soțul protagonist al necredinciosului Alison Lockhart.în martie 2018, Jackson și-a făcut debutul teatral pe Broadway, copiii unui zeu mai mic, unde l-a interpretat pe James Leeds, un profesor neconvențional la școală pentru surzi care intră într-o relație profesională și romantică conflictuală cu o fostă studentă surdă, Sarah Norman (Lauren Ridloff). Piesa a durat până în mai 2018.în 2019, Jackson a jucat rolul avocatului apărării Mickey Joseph în miniseria dramatică Netflix When They See Us.în 2020, Jackson a jucat împreună cu Reese Witherspoon și Kerry Washington în miniseria lui Hulu Little Fires Everywhere bazată pe romanul lui Celeste ng.
Jackson a fost distribuit în rolul principal în Dr.Death, bazat pe podcast-ul cu același nume.