Rutherford s-a căsătorit cu bancherul venezuelean Carlos Tarajano în iunie 2001. Rutherford a cerut divorțul în ianuarie 2002, după șase luni de căsătorie. Nunta a fost prezentată la scurt timp după aceea în numărul din februarie 2002 al revistei InStyle.Rutherford s-a căsătorit cu cel de-al doilea soț, omul de afaceri german Daniel Giersch, în August 2006. În octombrie 2006 a născut primul lor copil, fiul Hermann Gustaf Daniel Giersch.în timp ce era însărcinată cu al doilea copil, Rutherford a cerut divorțul de Giersch la 30 decembrie 2008. Rutherford și Giersch s-au implicat ulterior într-o dispută privind custodia copilului asupra fiului lor și a copilului lor nenăscut. Rutherford a născut al doilea copil, fiica Helena, în iunie 2009.în August 2009, Rutherford și Giersch au ajuns la o înțelegere temporară a custodiei fizice comune, în vigoare până în aprilie 2010. Rutherford a obținut, de asemenea, un ordin temporar de restricție împotriva sa în luna următoare.
Giersch ‘ s U. S. visa a fost revocată în aprilie 2012, după ce avocatul lui Rutherford a informat Departamentul de stat despre probleme legate de afacerile lui Giersch, ceea ce a determinat Departamentul să concluzioneze că au suficiente dovezi pentru a-l deporta.
s-a raportat că acuzațiile au implicat fraudă sau o implicare în traficul de droguri și arme în America de Sud, considerat terorism în temeiul Legii Victoriei. În consecință, Giersch nu a putut intra în Statele Unite și și-a stabilit reședința în Franța și Monaco. În Mai 2012, copiii lui Rutherford și Giersch au plecat în Franța pentru a petrece vara cu tatăl lor. Rutherford a cerut instanței să-i acorde custodia unică, astfel încât să poată păstra copiii în primul rând în Statele Unite după vizita lor în Franța, deoarece acordul de custodie comun existent îi cerea să călătorească frecvent pentru a-i permite lui Giersch să petreacă timp cu copiii.
în August 2012, într-o decizie larg raportată, un judecător al Curții Superioare din California a decis că aranjamentul de custodie 50/50 ar trebui să rămână și că, deoarece Giersch nu poate călători în Statele Unite, copiii ar trebui să locuiască în Franța cu el și să meargă la școală acolo, Rutherford călătorind acolo pentru a-i vizita. Deși Rutherford s-a opus deciziei și a solicitat suspendarea procedurilor în timp ce ea a făcut apel, cererea ei a fost respinsă și s-a decis că, în doi ani, eligibilitatea sa de a intra în Statele Unite și bunăstarea consecventă a copiilor vor fi reevaluate.în iunie 2013, Rutherford a depus cererea de faliment, declarând că are datorii de aproximativ 2 milioane de dolari, în principal din cauza celor 1,5 milioane de dolari pe care i-a cheltuit pentru taxele legale legate de divorțul și litigiul de custodie cu Giersch.în Mai 2015, Rutherford a primit custodia exclusivă temporară a copiilor ei, în urma unei hotărâri ca atât fiul, cât și fiica ei să fie aduse înapoi în Statele Unite din Monaco, unde locuiau împreună cu tatăl lor din 2012. La 23 iulie 2015, un judecător din California a decis că California nu are jurisdicție asupra cazului de custodie a copilului lui Rutherford, deoarece locuiește în New York, iar fostului ei soț i s-a acordat din nou custodia.Rutherford a depus apoi un dosar la New York, dar la 27 iulie 2015, Curtea din New York a decis că nu are jurisdicție.
în decembrie 2015, instanțele din Monaco au reconfirmat că custodia deplină a rămas la tatăl copiilor, Rutherford a acordat drepturi extinse de vizitare în Franța și Monaco, precum și contribuții comune cu privire la „sănătate, școlarizare, educație religioasă și orice schimbare de reședință”.