În septembrie 2017, Khan a fost acuzat de interacțiuni online inadecvate cu numeroase femei, după cum se raportează într-un articol din Ziarul Național. Aceste acuzații au fost repetate în ziarele internaționale; Khan a răspuns că conversațiile text scurgeri erau „între adulți consimțiți” și că femeile erau perspective de căsătorie, menționând că a divorțat de doi ani. În decembrie 2017, BuzzFeed News a publicat un articol despre ceea ce a numit activitățile de „abuz spiritual” ale lui Khan, susținând că a cerut fără succes avocaților patru colegi clerici să nu elibereze o declarație comună referitoare la „căsătorii secrete false”. Un articol din Atlantic a remarcat unele reacții adverse împotriva femeilor care l-au acuzat pe Khan de conduită incorectă.
în octombrie 2017, un comitet format din diverși cercetători islamici și lideri ai comunității, inclusiv cei care au deținut funcții de conducere în Societatea Islamică din America de Nord, consilieri și profesioniști din domeniul sănătății mintale, au lansat o declarație după ce au efectuat propria anchetă în această privință. Printre panou s-au numărat Aisha al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid și Ingrid Mattson. Comitetul a declarat: „cu inimile grele confirmăm că Br. Nouman a comis încălcări semnificative ale încrederii, abuzului spiritual și comportamentului lipsit de etică.”Comitetul a recomandat ca Khan” se confruntă cu consecințele acțiunilor sale, și … ia o pauză de la viața publică, în scopul de a obține consiliere și să se angajeze în acte de ispășire.”