Universitatea a fost fondată ca San Jose Bible College în 1939, în San Jose de William Jessup, primul președinte al școlii. Eugene Claremont Sanderson începuse inițial o școală numită Evangel Bible University în San Jose în 1934, dar nu a reușit să o facă viabilă. Drept urmare, L-a recrutat pe William Jessup, unul dintre foștii săi studenți pentru a prelua. Până în 1951, odată cu extinderea școlii și cu Universitatea de Stat San jos de peste drum, San Jose Bible College s-a mutat într-un colet mărginit de Coyote Creek, strada 12 și aproape 30 de ani mai târziu de I-280. Clădirile de clasă în stil spaniol și mai multe clădiri de dormitoare alcătuiau micul campus.William Jessup s-a retras în 1960 și a fost succedat de Alvan L. Tiffin. Mai târziu, Woodrow Phillips, absolvent, a fost președinte din 1968 până în 1979, iar Chuck Boatman a fost președinte din 1979 până în 1984. Dr. Bryce Jessup, absolvent al Universității Pepperdine și fiul președintelui inițial, a fost președinte în perioada 1984-2010, când s-a retras. Dr. John Jackson a fost selectat pentru a fi al șaselea președinte în martie 2011.
în 1989, școala a fost redenumită San Jose Christian College și a fost acreditată Regional de WASC în 2002. Deoarece administrația nu a reușit să găsească o nouă locație în Valea Santa Clara, s-a decis mutarea în Sacramento metropolitan city of Rocklin în aprilie 2003. Colegiul s-a mutat oficial din campusul său din San Jose în iunie 2004. În acest moment, Colegiul a fost redenumit Universitatea William Jessup. Un campus de ramură a fost păstrat în San Jose, care servește în primul rând studenților netradiționali și absolvenți.locația actuală a fost anterior o fabrică de mobilă Herman Miller, iar multe dintre clădiri au fost proiectate de Frank Gehry.